Bisulfito sekos nustatymas yra metodas, kurio metu skirtingi DNR regionai yra analizuojami naudojant metilinimą. Metilinimas yra specifinės molekulės, vadinamos metilo grupe, pridėjimo prie nukleotido, šiuo atveju dažniausiai citozino, procesas. Neaktyvūs nukleotidai dažnai yra metilinami, todėl šis metodas gali būti naudojamas įvairiems tikslams – nuo aktyvių genomo regionų nustatymo iki genų turtingų regionų nustatymo. Atliekant bisulfito seką, metilinti citozinai neturi įtakos sekos nustatymo procesui, o nemetilinti citozinai paverčiami uracilu – nukleotidu, kuris paprastai nerandamas genetinėje medžiagoje, dezoksiribonukleino rūgštyje (DNR).
Šis metodas yra labai jautrus metilinimo pokyčiams, todėl nedideli surišimo pokyčiai gali suteikti tyrėjams konkrečios informacijos apie konkrečius nukleotidus. Natrio bisulfitas citoziną paverčia uracilu, tačiau konversija vyksta aplinkoje, kurioje metilintas citozinas nepakeis. Kai bisulfito sekos nustatymas baigtas, pradinė DNR paverčiama žymiai kitokia molekule. Citozinai bus labai išeikvoti arba jų gali nebūti. Jei citozinas vis dar randamas šioje konvertuotoje molekulėje, tai yra natūraliai metilintas citozinas nagrinėjamame genome.
Kaip ir visi eksperimentiniai protokolai, bisulfito sekos nustatymas turi trūkumų. Reikšmingiausias jo trūkumas yra tas, kad norint tinkamai veikti, reikia labai didelės druskos koncentracijos. Druska skatina vienos grandinės DNR susijungimą į natūralesnę dvigubą spiralę, o natrio bisulfitas ne visada gali pasiekti citozinus, kai jie yra dvigrandės DNR dalis. Jei druskos koncentracija yra per didelė, kai kurie citozinai gali nepavirsti uracilu, todėl genome klaidingai identifikuojami metilinti citozinai. Denatūruojančios medžiagos gali būti reikalingos siekiant sumažinti klaidingai teigiamų identifikacijų skaičių.
Didelis genomo duomenų kiekis nėra būtinas bisulfito sekos nustatymui, todėl metodas yra naudingas analizuojant klinikinius mėginius. Pradinis nukleino rūgšties šaltinis nesvarbus, bet šaltinis turi būti DNR. Teoriškai ribonukleino rūgšties (RNR) seką būtų galima nustatyti naudojant šį metodą, nes dauguma RNR yra vienos grandinės ir dėl blokuotų nukleotidų nebūtų taip jautrūs klaidingai teigiamiems rezultatams. Tačiau praktiškai naudojant bisulfito seką RNR nėra naudinga, nes RNR natūraliai turi uracilo. Be kažkokio išorinio žymėjimo ar papildymo prie protokolo, konvertuoti citozinai nebūtų atskirti nuo natūralaus uracilo.
Taikant bet kokią sekos nustatymo metodiką tikslumas ir tikslumas yra labai svarbūs. Jautrūs metodai, tokie kaip bisulfito sekos nustatymas, yra patikima sekos analizės priemonė, kuri savo ruožtu leidžia atlikti genų analizę ir nustatyti vaistų bei terapijos taikinius. Nors šis metodas negali būti naudojamas gyviems žmonėms, jis vis tiek gali būti labai naudingas dirbant tik su mažiausiais audinių mėginiais.