Burnos mikrobiologija yra bakterijų, grybelių ir virusų, kurie kolonizuoja burną, tyrimas. Ši mažytė žmogaus flora dažnai gyvena glaudžiai susikaupusi želatininėse masėse, vadinamose bioplėvelėmis. Nors tradiciškai tam tikros bakterijų padermės buvo laikomos atsakingomis už burnos patologiją, sukeliančią dantenų ligas ir dantų ėduonį, burnos mikrobiologija yra sudėtinga. Vieno mikroorganizmo veiksmai ir poveikis gali turėti įtakos kito mikroorganizmams, o visa kolonija sudaro savo mažą ekosistemą burnos ertmėje. Mokslininkai ir toliau mokosi daugiau apie įvairių rūšių mikrobų, randamų sveikose ir nesveikose burnose, reikšmę.
Burnos mikrobiologijos tyrimą apsunkina, nes daugelis burną kolonizuojančių mikroorganizmų laboratorinėmis sąlygomis neaugs. Pastaruoju metu pažanga identifikuojant bakterijas leido surinkti mikroorganizmus ir juos identifikuoti iš jų DNR. Šis metodas buvo naudojamas žmogaus mikrobiomų projekte, kurio tikslas – nustatyti visas paprastai organizme esančias bakterijas. Nustatyta, kad įvairių mikroorganizmų burnoje yra daugiau nei 700.
Sąveika tarp skirtingų mikroorganizmų gali reikšti, kad kai kurie mikrobai gamina veiksnius, kurie slopina arba skatina kitų augimą. Bakterija, žinoma kaip S. mutans, gaminanti rūgštį, sukeliančią dantų ėduonį, gali kelti mažesnę grėsmę sveikatai, jei ji gyvena šalia kitos bakterijos, gaminančios šarminę medžiagą. Tos bakterijos, kurios dažniausiai yra ankstyvosios burnos kolonizuotojos, turi ypatingų gebėjimų, leidžiančių joms prilipti prie dantų ir dantenų, o vėliau atvykstantys žmonės prisiriša prie ankstyvųjų naujakurių.
Mokslininkams vis daugiau sužinojus apie burnos mikrobiologiją, atrodo, kad paprasčiausias apnašų, kuriose yra mikroorganizmų, pašalinimas gali būti ne geriausias atsakymas į dantenų ir dantų ligas. Pašalinus visus mikrobus, lieka erdvė, kurią vėliau gali kolonizuoti kenksmingesni mikroorganizmai. Tai galėtų pakeisti subalansuotą bakterijų mišinį, kuris galėjo nekelti grėsmės sveikatai, nes galimai žalingą kai kurių mikrobų poveikį neutralizavo arba slopino kiti aplinkiniai.
Kai kurie burnos mikrobiologijos tyrinėtojai pasiūlė, kad naudingos bakterijos galėtų būti naudojamos norint pakeisti mikrobų pusiausvyrą burnoje. Jei į burnos ertmę pavyktų patekti gyvų bakterijų, kurios slopintų rūgštis gaminančių mikrobų augimą ir nekenksmingai juos pakeistų, tai galėtų padėti sumažinti dantų ėduonį. Kitas kenksmingų bakterijų pašalinimo būdas būtų atakuoti jas antimikrobinėmis medžiagomis. Jie būtų prijungti prie molekulių, kurios jungiasi tik su kenksmingomis rūšimis.