Cheminės atliekos apima tiek didelių gamybos įrenginių ir laboratorijų cheminius šalutinius produktus, tiek mažesnio masto tirpiklius ir kitas namų ūkių išmetamas chemines medžiagas. Atsižvelgiant į cheminių medžiagų pobūdį, jos gali būti priskirtos pavojingoms atliekoms – pavyzdžiui, cheminėms medžiagoms, tokioms kaip etanolis ir glicerolis, nereikia specialių šalinimo procedūrų. Sveikatos ir saugos teisės aktai skiriasi tarptautiniu mastu ir nustato, kaip šios atliekos turi būti tvarkomos ir pašalinamos. Jungtinėse Valstijose tai reglamentuoja Išteklių išsaugojimo ir atkūrimo įstatymas bei Švaraus vandens įstatymas; o sveikatai pavojingų medžiagų kontrolės reglamentas (COSHH) JK reglamentuoja chemines atliekas.
Jei cheminės atliekos nėra tinkamai tvarkomos ar šalinamos, tiek aplinkai, tiek šalia esantiems asmenims kyla pavojus dėl galimo korozinio, toksiško, degaus ar sprogstamojo pobūdžio. Norint tinkamai tvarkyti šias atliekas, pirmiausia reikia atskirti chemines medžiagas, kurios gali reaguoti viena su kita, pavyzdžiui, druskas iš rūgščių, hipochloritus ir hidroksidus iš amoniako ir oksiduojančias medžiagas nuo degiųjų medžiagų. Tinkamai atskyrus, jį reikia saugiai laikyti sandariai uždarytuose statiniuose, buteliuose, skardinėse ar stiklainiuose, kurių turinys nesurūdys ar kitaip nepaveiks.
Specialiųjų atliekų šalinimo paslaugas paprastai sudaro gamybos įmonės, gaminančios chemines atliekas, kad jos būtų pašalintos laikantis sveikatos ir saugos taisyklių. Tada jis vežamas į specialų šalinimo įrenginį, kur pašalinamas pagal sudėtinę medžiagą ar medžiagas. Dauguma cheminių atliekų, įskaitant chloruotus tirpiklius, deginamos aukštoje temperatūroje, o kitos apdorojamos drėgnais cheminiais metodais. Po to, kai jis buvo sudegintas arba apdorojamas šlapia chemija, likučius galima saugiai išmesti į sąvartyną.
Netinkamo cheminių atliekų šalinimo pasekmės dažnai sulaukia didelio žiniasklaidos dėmesio, ypač kai gamybos įmonė ar įrenginys demonstruoja tyčinį aplaidumą. Pavyzdžiui, Niujorko Hooker Chemical Company savo atliekas išmetė į neužbaigtą kanalą ir uždengė žemę, prieš parduodant jas už 1 JAV dolerį (USD) Niagaros krioklių miesto mokyklos tarybai. 1977 m. gyventojai buvo evakuoti po to, kai vietoje, kurioje tuo metu buvo mokykla ir gyvenamasis padalinys, buvo aptiktas cheminių medžiagų nuotėkis.