Cheminformatika yra daugiadisciplinė sritis, kuri siekia susieti chemiją ir informatiką, kad būtų galima pritaikyti įvairius informacinius metodus chemijos problemoms spręsti. Kaip ir bioinformatika, cheminformatika vadinama problemų sprendimo in silico metodu, o tai reiškia, kad šios srities metodai atliekami naudojant kompiuterius ir kompiuterinį modeliavimą. Daugelio skirtingų profesijų žmonės – nuo grynųjų tyrimų iki chemijos pramonės – taiko kompiuterių mokslą chemijos problemoms spręsti. Kai kuriais atvejais kompiuteriai gali būti naudojami siekiant padidinti gerai suprantamų procesų ir skaičiavimų efektyvumą, o kitais atvejais jie naudojami dideliems duomenų rinkiniams, kuriuos būtų sunku arba neįmanoma apdoroti be kompiuterio pagalbos.
Ypač dažnai cheminformatika naudojama dideliems ir sudėtingiems duomenų rinkiniams, kurie dažnai pateikiami skaičiuoklių arba duomenų bazių pavidalu, apdoroti ir analizuoti. Daugelis chemijos eksperimentų sukuria daug duomenų, kuriuos gali būti nepaprastai sunku apdoroti be kompiuterių. Daugelis cheminio formato procesų leidžia chemikams greitai rūšiuoti ir analizuoti duomenis arba iš surinktų duomenų sukurti sudėtingus ir išsamius kompiuterinius modelius. Tai pasakytina apie eksperimentus, kuriuose ypač svarbu pamatyti „didelį vaizdą“. Nėra vieno svarbaus galutinio rezultato; svarbūs rezultatai yra gaunami iš daugelio stebėjimų ir duomenų taškų, perimtų eksperimento metu, supratimo.
Kartais cheminformatika tiesiog taikoma svarbios informacijos rūšiavimui ir katalogavimui, kad ji būtų lengvai pasiekiama tiems, kuriems jos reikia. Pavyzdžiui, rūšiuojamos ir ieškomos junginių duomenų bazės gali būti neįtikėtinai naudingos chemikams, dirbantiems sintezuojant tam tikrą junginį, kurio jiems gali prireikti atliekant tam tikrą eksperimentą. Kai kurios iš šių duomenų bazių iš tikrųjų yra viešinamos, todėl bet kurie tyrinėtojai, kuriems reikia informacijos, gali lengvai ją pasiekti. Kituose gali būti jautresnės ir konfidencialesnės informacijos, kurią tam tikra laboratorija nori išlaikyti privačią prieš paskelbdama didelį leidinį.
Daugeliu atvejų cheminformatikos procesai naudojami sudėtingoms lygtims su surinktais duomenimis atlikti. Chemformatikos srityje dirbantys žmonės gali būti raginami rašyti programas, kurios ištraukia duomenis iš duomenų bazių ar skaičiuoklių ir paleidžia juos per lygtis. Pavyzdžiui, matricos gali būti naudojamos sprendžiant daugybę lygčių, kurios gali būti naudojamos skirtingų cheminių procesų panašumui ir skirtumams nustatyti. Programuotojas gali parašyti programą, kuri paima tam tikrą skaičiuoklės dalį, konvertuoja ją į matricą ir naudoja matricą, kad išspręstų lygčių sistemą, pagrįstą skaičiuoklėje esančiais duomenimis.