Ekologiškai auginami augalai yra tie, kurie auginami nenaudojant žmogaus sukurtų produktų; dažniausiai trąšos, pesticidai ir herbicidai. Vietoj to, viskas, kas taikoma tokiems pasėliams, turi atsirasti natūraliai, o tai dažnai reiškia, kad šiems augalams užauginti reikia daugiau darbo jėgos, tačiau augintojas garantuoja, kad jų nepalietė žmogaus sukurtos cheminės medžiagos. Ekologiška liucerna yra viena iš tokių kultūrų, kurią galima auginti kaip pašarą gyvuliams, kurie naudojami maistui gaminti arba paverčiami maisto papildais žmonėms.
Auginant ekologiškus augalus, piktžolės gali tapti rimta problema, jei jos nėra tinkamai kontroliuojamos. Vienas iš būdų sumažinti piktžolių augimą – lauką nuolat apsodinti ekologiška liucerna arba dengiamuoju pasėliu, pavyzdžiui, avižų žole. Taikant šį metodą, plotas yra padengtas geidžiamu augalu, kuris paprastai auga storas ir greitai auga, užspringdamas daugumą piktžolių prieš pradedant joms pradėti. Netrukus prieš sodinant liucerną, avižų žolė suariama ir leidžiama supūti, kad ji tarnautų ir kaip trąša, arba tai, kas paprastai vadinama žaliąja trąša, ir aprūpintų maistinėmis medžiagomis naujam derliui.
Ekologinė liucerna taip pat dažniausiai tręšiama senu mėšlu iš arklių ar galvijų tvartų arba pasenusiu organiniu kompostu, kuriame gali būti supuvusios žolės ir virtuvės atliekų bei kitų augalinių medžiagų. Svarbu, kad viskas, kas dedama į kompostą, būtų ekologiška, nes cheminiai teršalai bet kuriame proceso etape gali reikšti, kad susidariusi liucerna nebėra tikrai ekologiška. Dauguma ekologiškų augalų augintojų yra kruopštūs dėl tokių dalykų ir deda daug pastangų, kad išvengtų galimybės, kad neekologiškos medžiagos liestųsi su jų pasėliais.
Kadangi cheminiai pesticidai yra neabejotinai žmogaus sukurti, ekologiškų liucernų augintojai turi rasti kitų būdų, kaip kovoti su kenkėjais, kurie traukia į laukus. Vienas labai populiarus metodas yra natūralių kontrolės priemonių, ypač plėšriųjų vabzdžių, kurie grobia vabzdžius, kurie kitu atveju gali sunaikinti ekologišką liucernos derlių, naudojimas. Boružėlės, tam tikros vapsvos, piratinės blakės ir maldininkai yra naudojami įvairiems kenkėjams kontroliuoti, nenaudojant cheminių medžiagų, kurios gali būti pavojingos.
Nepaisant didesnės ekologiškos liucernos kainos, iš dalies dėl to, kad ją gaminti brangiau, daugelis žmonių mano, kad verta mokėti papildomų išlaidų, kad būtų išvengta sveikatos problemų, susijusių su tiek daug įprastai naudojamų dirbtinių produktų. Kai liucerna naudojama kaip gyvulių pašaras, nėra tikimybės, kad maistinių gyvūnų mėsoje ar piene susikaups nesveiki pesticidai ar kitos cheminės medžiagos. Kai kuriais atvejais ekologiška liucerna naudojama maisto papildams žmonėms gaminti, o dauguma žmonių, kurie pasirenka tokius papildus, nori, kad produktas nebūtų pagamintas iš liucernos, kuri buvo veikiama potencialiai kenksmingų cheminių medžiagų.