Ekologiška vanilė paprastai reiškia arba vanilės pupeles, užaugintas ekologiškais metodais, arba vanilės ekstraktą, pagamintą naudojant tokias pupeles ir laikantis tolimesnių ekologiškumo gairių. Nors įmonė gali tvirtinti, kad vanilė auginama ekologiškai, dauguma įmonių turi vyriausybinės agentūros vanilės sertifikatą kaip ekologišką. Įvairiose šalyse tokį sertifikavimą tvarko skirtingos agentūros; JAV paprastai tai tvarko Maisto ir vaistų administracija (FDA). Ekologiška vanilė paprastai turi būti auginama nenaudojant neorganinių trąšų, o auginant ir apdorojant tokią vanilę paprastai draudžiama naudoti pesticidus ir kitas chemines medžiagas.
Kiekvienas, norintis įsigyti ekologiškos vanilės pupelių ar ekstrakto pavidalu, turėtų pagalvoti apie bet kurios įmonės, parduodančios tokią vanilę, sertifikatą. Vanilės pupelės gali būti auginamos daugelyje skirtingų šalių, įvairiose pasaulio vietose; didžiosios įmonės, platinančios vanilės pupeles ar ekstraktą, dažnai gauna vanilės iš daugybės mažų ūkių. Dėl to daugeliui įmonių gali būti sunku kontroliuoti ir stebėti tokių ūkių auginimo ir perdirbimo metodus. Kadangi šie ūkiai taip pat yra skirtingose šalyse, kai kurios vyriausybinės agentūros, prižiūrinčios ekologiškos vanilės sertifikavimą, tose šalyse gali nebūti.
Tai reiškia, kad tinkamai ištirti ūkininkavimo praktiką, siekiant sertifikuoti ekologišką vanilę, gali būti gana sunku, todėl kiekvienas, norintis įsigyti tokią vanilę, turėtų būti atsargus. Dauguma įmonių pateikia informaciją apie tai, kaip sertifikuojama jų parduodama vanilė, įskaitant sertifikavimo tipą ir sertifikavimo agentūros pavadinimą. Ekologiškus maisto produktus sertifikuojančios vyriausybinės agentūros, tokios kaip FDA, dažnai teikia informaciją apie tokias sertifikavimo procedūras internetu arba susisiekdamos su agentūra. Tai leidžia žmonėms lengviau palyginti įvairias ekologiškos vanilės rūšis, kad įsitikintų, jog įsigyta vanilė atitinka jų lūkesčius.
Ekologiška vanilė paprastai auginama naudojant tik ekologiškus produktus ir nepridedant cheminių medžiagų ar stiprių pesticidų. Ekologiškų produktų gamybai trąšos gali būti visai nenaudojamos, tačiau kai kurie augintojai gali naudoti tik natūralias ir organines trąšas, kad užtikrintų sveiką žemėtvarką, neįvedant potencialiai kenksmingų cheminių medžiagų. Pesticidai dažnai yra pagrindinis augintojų ir vartotojų ginčų šaltinis, o dauguma ekologiškų augintojų nenaudoja pesticidų arba naudoja tik ekologiškus pesticidus, kurie lengvai nuplaunami nuo maisto. Tada ekologiškos vanilės pupelės džiovinamos ir apdorojamos be jokių kitų neorganinių priedų, o ekologiškai pagamintame vanilės ekstrakte ekstraktui gaminti naudojamas tik organinis alkoholis.