Ekologiškas varškės sūris yra minkštas, šviežias sūris, pagamintas nenaudojant pesticidų, augimo hormonų ar profilaktinių antibiotikų. Pats sūris dažniausiai gaminamas iš pasukų, kurios gali būti gaunamos kaip natūralus sviesto gamybos proceso šalutinis produktas arba fermentuojant pieną. Ekologiška varškė pagaminama ne ilgiau kaip parą, ją reikia nedelsiant suvartoti arba porą savaičių palaikyti šaldytuve, kad nesugestų.
Norėdamas ženklinti produktą kaip ekologišką varškės sūrį, sūrio gamintojas turi laikytis tam tikrų gairių. Nors ekologinio sertifikavimo specifika įvairiose šalyse skiriasi, vienas standartinis reikalavimas yra, kad sūrio gamybos procese naudojami gyvūnai būtų šeriami ekologiškais grūdais. Šie grūdai turi būti auginami žemėje, kurioje ne mažiau kaip trejus metus nebuvo naudojami neekologiški pesticidai, herbicidai ir trąšos. Gyvūnams taip pat turi būti leidžiama natūraliai subręsti ir jiems negalima duoti hormonų ar neekologiškų papildų, kad padidėtų jų augimo greitis ar pieno gamyba. Be to, gyvūnams negalima duoti antibiotikų, nebent jie serga ir jiems reikia veterinarinio gydymo.
Ekologiškas pienas, gautas iš gyvūnų, auginamų laikantis šių priežiūros standartų, gali būti naudojamas ekologiškai varškei gaminti. Dažniausiai šiai sūrių rūšiai naudojamas karvės pienas, tačiau galima varškę gaminti ir iš kitų pieninių gyvūnų, pavyzdžiui, avių ar ožkų, pieno. Sūrio gamybos proceso metu ekologiški ingredientai turi būti laikomi atskirai nuo neekologiškų ingredientų, kuriuos gamykla taip pat gali apdoroti.
Ekologiškos varškės sūrio gamybos procesas yra toks pat kaip ir neekologiškos varškės gamybos procesas. Sūriui naudojamas pienas rauginamas parą ar trumpiau, priklausomai nuo to, ar naudojamas reninas ir kokio dydžio sūryje yra varškės. Tada lėtai kaitinama, kol varškė sukietėja. Kai varškė įgauna norimos tekstūros, išrūgos arba skysta pieno dalis nuplaunama, o varškė paliekama atvėsti šaldytuve.
Yra daugybė ekologiškų varškės rūšių. Jis gali būti pagamintas iš skirtingų gyvūnų pieno, iš kurių kiekvienas gamins šiek tiek kitokio skonio varškę. Jį taip pat galima maišyti su vaisiais, uogiene, žolelėmis ar prieskoniais, panašiai kaip ir jogurtą, gaminant aromatizuotus varškės sūrelius.