Yra daug skirtingų ekosistemų valdymo termino apibrėžimų, tačiau visose yra dvi bendros temos. Pirma, ekosistemos valdymas turėtų išlaikyti arba pagerinti ekosistemą. Antra, vadovybė turėtų teikti produktus ar paslaugas esamiems ir būsimiems ekosistemos naudotojams.
Ekosistemą sudaro visos rūšys, įskaitant žmones, kurios gyvena tam tikroje fizinėje aplinkoje. Jį sudaro gyvi ir negyvieji komponentai, kurie sąveikauja sudarydami stabilią ir savaime besitęsiančią sistemą. Ekosistema yra stabili tuo, kad gali prisitaikyti prie pokyčių iš vidaus ir tęstis be žmonių ar kitų rūšių įsikišimo. Ekosistemų pavyzdžiai yra spygliuočių miškai Šiaurės Amerikoje, rudadumblių miškai vandenynuose ir atogrąžų miškai.
Jei tam tikra ekosistemos dalis pašalinama greičiau, nei galima ją papildyti, gali kilti problemų su visa sistema. Tai gali būti dėl naujos rūšies invazijos arba dėl to, kad žmonės naudoja ir išnaudoja dalį ekosistemos. Nesvarbu, kokia ekosistemos dalis pašalinama, pasekmės yra tokios pačios.
Yra daug pavyzdžių, kai žmonės per daug išnaudoja tam tikras rūšis, įskaitant milžiniškus sekvojus Kalifornijoje, daugybę skirtingų didžiųjų medžiojamųjų gyvūnų rūšių Afrikoje ir banginius visame pasaulyje. Banginių populiacijos nykimas medžiojant buvo labai viešinamas. Apsauga nereiškia, kad joks augalas ar gyvūnas negali būti sunaikinti. Vietoj to, pašalinimas atliekamas kontroliuojamu būdu, todėl niekas iš ekosistemos nepašalinamas greičiau, nei galima pakeisti. Apsauga naudojant ekosistemos valdymą reiškia, kad visa ekosistema gali būti palaikoma, tuo pačiu užtikrinant esamus ir būsimus vartotojus.
Vienas iš pagrindinių prieštaravimo ekosistemų valdymui taškų kyla iš tų, kurie šiuo metu naudoja ekosistemą savo pragyvenimui. Pavyzdys yra medienos gamyba ir išsaugojimas spygliuočių miškuose Ramiojo vandenyno šiaurės vakaruose nuo JAV. Medienos pramonės atstovai nerimavo dėl darbo vietų praradimo, o gamtosaugininkai atkreipė dėmesį į pagrindinių rūšių, tokių kaip pelėdos, praradimą dėl medžių trūkumo. Parengta ekosistemų valdymo programa suteikė galimybę ruošti medieną, tačiau tam tikrose vietose paliekant pakankamai medžių, kad būtų išlaikytas rūšių lygis.
Svarbu pažymėti, kad ekosistemos valdymas apima visos ekosistemos palaikymą, o ne tik tam tikros rūšies ar ekosistemos dalies darbą. Dažnai sutelkus dėmesį tik į vieną sritį, kitos ekosistemos sritys nukentėtų, nes vienai sričiai klestėtų. Ekosistemų valdymas siūlo holistinį požiūrį į sėkmingos dabarties ir ateities ekosistemos kūrimą.