Ekskomunika, kai kuriose sektose taip pat žinomas kaip pašalinimas iš bendruomenės, yra smerkimo forma, kurią religiniai pareigūnai gali panaudoti norėdami pašalinti žmones iš kongregacijos. Ši praktika labiausiai paplitusi judėjų ir krikščionių religijose, ypač katalikybėje, ir naudojama kaip labai griežta bausmės forma žmonėms, kurie prieštarauja Bažnyčios doktrinai. Kai kurios žymesnės ekskomunikos yra Martino Liuterio ir Elžbietos I ekskomunikos iš Anglijos dėl jų dalyvavimo protestantų reformacijoje.
Paprastai aukšto rango bažnyčios pareigūnas turi oficialiai paskelbti ekskomuniką, kartais regiono pareigūno rekomendacija. Kartą ekskomunikuotas kažkas bažnyčiai nepriklauso. Susirinkimo nariai negali už jį melstis, o ekskomunikantui taip pat draudžiama laidoti šventoje žemėje. Jam taip pat draudžiama dalyvauti religinėse apeigose, o socialinis išskyrimas yra įprastas žmonėms, kurie buvo ekskomunikuoti.
Kai kuriais atvejais kas nors gali vėl patekti į kongregaciją po ekskomunikos, jei prisipažins, nuoširdžiai gailisi ir atgailauja. Kitos krikščionių sektos mano, kad kai kas nors buvo ekskomunikuotas, jam ar jai visam laikui uždrausta lankytis bažnyčioje. Amišų atveju žmonės yra „vengiami“, kai juos visiškai atstumia visi bažnyčios bendruomenės nariai. Buvusiam amišų bendruomenės nariui, kuris buvo atstumtas, niekada nebus leista kalbėtis su praktikuojančiais amišais, įskaitant savo šeimą.
Kadangi ekskomunika yra labai griežta ir kai kuriais atvejais negrįžtama bausmė, bažnyčios pareigūnai linkę būti atsargūs. Kai kurių tikėjimų atveju bendruomenė gali dirbti kartu su klystančiu kongregacijos nariu, bandydama jį sutaikyti su bažnyčia. Taip pat gali būti naudojamos konsultacijos ir maldos seansai, kad būtų išvengta ekskomunikos. Kad įvyktų ekskomunika, turi būti pateikti tvirti įrodymai, patvirtinantys, kad asmuo tikrai turėtų būti pašalintas iš bažnyčios.
Daugeliui krikščionių sektų narių ekskomunika reiškia ne tik neigimą dalyvauti bažnytinėse apeigose. Tai taip pat bausmė, kuri tęsis ir po mirties, nes daugelis konfesijų tiki, kad bažnyčios atstumti žmonės susidurs su bausmėmis pragare. Formalus ekskomunikos pasmerkimas užkirstų kelią kam nors patekti į dangų, nesvarbu, ar ekskomunikatas buvo padorus žmogus, ar ne, ir toks likimas ekskomunikantams kelia didelį nerimą.