Etanolio biomasė yra organinė medžiaga, tinkama etanolio gamybai. Kukurūzai yra puikus ir plačiai naudojamas pavyzdys, tačiau kiti šaltiniai gali būti dumbliai, žolė ir kiti celiuliozės augalai. Kai kuriems etanolio gamintojams susirūpinimą kelia biomasės tiekimas, nes jiems reikia gauti daug energijos turinčių medžiagų, kurias galima efektyviai paversti etanoliu. Kai kuriuose sluoksniuose biomasės tiekimas yra ginčytinų diskusijų objektas.
Terminas „biomasė“ reiškia organines medžiagas, klasikines atliekas, kurių negalima valgyti ar naudoti pramoniniuose procesuose. Šis terminas taip pat vartojamas ekologijoje, kalbant apie bendrą augalinę medžiagą tam tikroje vietovėje, nes susirūpinimą kelia biomasė ir biologinė įvairovė. Etanolio biomasė iš tikrųjų gali būti naudojama pramoniniuose procesuose, o kai kurie biomasės šaltiniai iš tikrųjų yra ir maisto šaltiniai.
Norint pagaminti etanolį, biomasė turi būti paversta taip, kad jos energija būtų prieinama kaip kuras, kurį žmonės galėtų naudoti. Etanolio gamyba grindžiama etanolio biomasės naudojimu, kuriai augti ir konvertuoti reikia mažiau energijos, nei pagaminama. Priešingu atveju procesas būtų neefektyvus, todėl etanolis būtų prastas alternatyvaus kuro pasirinkimas. Tokie augalai, kaip žolė, yra tinkami kandidatai, nes joms auginti reikia daug mažiau energijos, o etanolio biomasės perdirbimo technologija, siekiant ją paversti etanoliu, nuolat tobulėja, todėl didėja etanolio ekstrahavimo efektyvumas.
Kai kurie žmonės teigė, kad etanolio biomase laikant valgomuosius maistinius augalus, tokius kaip kukurūzai, etanolio pramonė gali kelti pavojų maisto tiekimo stabilumui, nes ūkininkai gali būti labiau linkę sodinti maistines kultūras, skirtas naudoti etanolio gamybai. Nemaistiniai augalai, naudojami kaip etanolio biomasė, taip pat teoriškai galėtų išstumti maistines kultūras, todėl rinkoje sumažėtų maisto produktų kiekis. Tačiau etanolio šalininkai mano, kad tokio disbalanso galima išvengti apgalvotai tvarkant žemę ir kad etanolio biomasės gamyba neturi daryti įtakos maisto gamybai.
Antrinė etanolio energijos problema yra ta, kad daugelis vyriausybių labai subsidijuoja etanolio biomasės gamybą. Kritikai teigia, kad subsidijos paskatino dirbtinę rinką ir kad subsidijų panaikinimas leistų žmonėms pamatyti, ar iš tikrųjų yra etanolio rinka, ar ne. Advokatai atkreipia dėmesį į tai, kad panašios subsidijos taikomos daugeliui javų ir pramonės šakų, o kartais subsidijų reikia norint paremti besikuriančią pramonę, kol ji gali pasiekti nepriklausomybę. Pagal šią teoriją subsidijų poreikis palaipsniui mažėtų, nes etanolio gamyba ir etanolio paklausa padidėtų.