Faraono apipjaustymas yra vienas iš sunkiausių moterų lytinių organų žalojimo (FGM) tipų. Pasaulio sveikatos organizacijos (PSO) klasifikuojamas kaip III tipo MLOŽ, šis kirpimo būdas apima klitorio ir mažųjų lytinių lūpų pašalinimą bei vientiso sandarumo sukūrimą perpjaunant didžiąsias lytines lūpas ir jas susiuvant. Tai sukuria lygų gaubtą visoje makšties srityje ir paprastai palieka tik nedidelę angą šlapimui ir menstruaciniam kraujui. Daugumoje šalių faraonų apipjaustymas laikomas piktnaudžiavimu ar kankinimu, todėl pastangos sustabdyti šią praktiką laikomos prioritetu. Ten, kur tokia praktika yra įprasta ir priimta, tiek moterys, tiek vyrai dažnai smurtauja prieš jaunas merginas.
Šis ritualinis žalojimas labiausiai žinomas Šiaurės Rytų Afrikoje, tačiau kartais jis praktikuojamas ir Pietryčių Azijos bei Artimųjų Rytų dalyse. Atsižvelgiant į tai, kad faraonų apipjaustymas tapo prieštaringai vertinamas, gana retai tokio tipo operacija atliekama ligoninėje taikant anesteziją arba padedant gydytojui. Dažniausiai tokio tipo žalojimas vyksta „krūme“ be anestezijos ir nevalytų instrumentų.
Paprastai faraonų apipjaustymas yra apsuptas ritualų, o procedūra gali reikšti perėjimą į pilnametystę. Tikroji operacija paprastai apima klitorio ir mažųjų lytinių lūpų amputavimą, tada neapdorotų didžiųjų lytinių lūpų kraštų susiuvimą, kad susidarytų būdingas gaubtas. Kad tokia sunki žaizda užgytų, mergaitės kojos dažnai turi būti surištos kelias savaites. Su tokia maža skylute lytiniai santykiai yra labai sunkūs, todėl vyras paprastai turi perpjauti žmoną, kad galėtų įkišti varpą. Gimdymas paprastai apima panašų pjovimą, o kartais reikia atidaryti visą žaizdą, kad būtų išvengta vaiko mirties.
Nors tikrai yra argumentų, kad svarbu gerbti kitų kultūrų praktikas, faraonų apipjaustymas paprastai yra atleidžiamas nuo to. Nors yra daug kultūrinių priežasčių, dėl kurių laikomasi tokio ritualo, plačiai pripažįstama, kad moterų lytinių organų žalojimas yra pavojingas moterims ir gali sukelti skausmą ir kančias visą gyvenimą. Kai kurios sėkmingiausios pastangos sustabdyti faraonų apipjaustymą ir kitas sistemingo moterų prievartos formas buvo nukreiptos į jaunų moterų „pirkimą“ iš jų šeimų, kad būtų sumažintas spaudimas šioms merginoms susirasti vyrus. Mokėdami tėvams, kad jie nežalotų savo dukterų, labdaros organizacijos dažnai gali sustabdyti prievartą ištisose bendruomenėse, nes mergaitės, kurios nebuvo suluošintos, paprastai šios praktikos savo vaikams neįtvirtina.