Farmacinės atliekos yra medicininių atliekų forma, kurią sudaro nepanaudoti vaistai, nereceptiniai asmens priežiūros produktai ir kartais priedai, pvz., aštrūs daiktai, naudotos bandymo juostelės ir kitos reikmenys. Tai kelia susirūpinimą, nes kelia grėsmę žmonių ir aplinkos sveikatai. Dėl pavojų farmacinės atliekos negali būti šalinamos kaip įprastos atliekos ir jas reikia specialiai tvarkyti, nesvarbu, ar jos atkeliauja iš ligoninės, klinikos, vaistinės ar privataus namų ūkio. Kitos medicininių atliekų rūšys apima biologiškai pavojingas atliekas ir radiacijos atliekas.
Yra keletas susirūpinimą keliančių klausimų dėl farmacinių atliekų tvarkymo. Pirmasis yra tas, kad vaistai, patekę į aplinką, juos išmetę arba išsiskiriantys nemetabolizuotu pavidalu, gali kelti pavojų sveikatai. Kai kuriuose vaistuose yra sunkiųjų metalų, endokrininę sistemą ardančių medžiagų ir kitų gyvūnams bei aplinkai pavojingų junginių. Taip pat kyla pavojus, kad prastai kontroliuojamos atliekos gali patekti į netinkamai vaistus vartojančių žmonių rankas.
Priemonėse, pvz., aštriuose daiktuose, kurios kartais priskiriamos farmacijos atliekoms, gali būti pavojingų, tokių kaip kraujas, be to, gali kilti pavojus žmonėms susižaloti. Kiti farmacijos atliekų keliami pavojai gali būti su atliekomis paveiktų organizmų atsparumo antibiotikams išsivystymas arba floros pusiausvyros sutrikimas nuotekų valymo įrenginiuose dėl išskiriamų vaistų poveikio. Gaminiuose, tokiuose kaip kremai nuo saulės, šampūnai ir muilai, esančios cheminės medžiagos gali pakenkti aplinkai, ypač kai jos išsiskiria dideliu mastu.
Istoriškai žmonėms dažnai buvo patariama nuleisti vaistų perteklių į tualetą, o atsargas, pavyzdžiui, nepanaudotus aštrius daiktus, išmesti į tuos pačius medicininių atliekų konteinerius, skirtus biologiškai pavojingiems aštriems daiktams. Tačiau nebeskatinama praplauti vaistus, nes nuotekų valymo įrenginiai nėra aprūpinti vaistais. Vietoj to pavieniams vartotojams gali būti liepta apvynioti vaistų talpyklas juostele, kad prieš išmesdami jas neištekėtų, arba nunešti į pavojingų atliekų surinkimo aikštelę.
Klinikų ir ligoninių mastu farmacines atliekas kartu su kitomis medicininėmis atliekomis gali surinkti įmonė, kuri specializuojasi tvarkyti potencialiai pavojingas atliekas. Už šią surinkimo paslaugą paprastai imamas specialus mokestis. Nepanaudotus ir pasibaigusio galiojimo vaistus bei kitas farmacines prekes gali saugiai išmesti atliekų tvarkymo įmonės. Tai apima nereceptinius preparatus, nuo apsaugos nuo saulės iki aspirino, kuriuos gali tekti išmesti pasibaigus galiojimo laikui arba sugedus. Tam tikri nepanaudoti produktai gali būti dovanojami, o tai yra dar vienas galimas šalinimo būdas.