Fluorescencinis mikroskopas yra mikroskopas, naudojamas tirti bandinius, turinčius liuminescencines savybes, arba bandinius, paruoštus naudojant liuminescencines savybes sukuriančias medžiagas. Šio tipo mikroskopijoje pats mėginys yra šviesos šaltinis. Naudojant fluorescencinį mikroskopą galima surinkti daug informacijos, o šie mikroskopai taip pat gali būti naudojami kuriant nuostabius vaizdus, kuriuose aiškiai matomos išsamios struktūros.
Šie mikroskopai išnaudoja tam tikrų cheminių junginių savybes. Susijaudinus tinkamo bangos ilgio šviesa, klasikiniu būdu ultravioletine šviesa, šios cheminės medžiagos užsidegs. Jei liuminescencija yra trumpa, ji vadinama fluorescencija, o ilgesnis liuminescencijos laikotarpis po sužadinimo vadinamas fosforescencija. Abiem atvejais liuminescencijos spalva skirsis priklausomai nuo naudojamų cheminių medžiagų, kaip ir tiksli liuminescencijos laikotarpio trukmė.
Fluorescenciniame mikroskope tam tikro bangos ilgio šviesa praleidžiama per specializuotą mikroskopo kondensatorių, kuris sufokusuoja šviesą į labai siaurą spindulį. Kai šviesa patenka į bandinį, liuminescenciniai junginiai susijaudina ir pradeda skleisti šviesą. Naudodamas dichroinį veidrodį, kuris filtruoja šviesos spindulį, naudojamą bandiniui sužadinti, tyrėjas gali aiškiai matyti liuminescenciją ir užsirašyti jo savybes arba nufotografuoti mėginį ant mikroskopo scenos, kad būtų galima pasinaudoti ateityje.
Kadangi fluorescenciniame mikroskope naudojama šviesa dažnai yra potencialiai pavojinga akims, paprastai ant akies reikia naudoti poliarizuojantį filtrą, kad mikroskopas nepažeistų naudotojo akių. Poliarizaciniai filtrai taip pat gali būti naudojami spalvų korekcijai arba kontrastui padidinti, kad liuminescencija būtų aiškiau matoma. Kaip ir kituose mikroskopuose, vaizdo aiškumą galima reguliuoti fokusuojant mikroskopo komponentus, taip pat prireikus padidinimo lygį galima padidinti arba sumažinti.
Kai kuriais atvejais mėginys gali būti natūraliai švytintis, pavyzdžiui, kai kurių mineralų, kurie fluorescuoja arba fosforesuoja tam tikro bangos ilgio šviesoje, atveju. Mėginiai taip pat gali būti pažymėti molekulėmis, žinomomis kaip fluoroforai. Šios molekulės gali nukreipti į konkrečias bandinio struktūras, sukurdamos fluorescencinį dėmesį skiriančių struktūrų vaizdą, kai mėginys sužadinamas mikroskopo šviesa.
Fluorescencinis mikroskopas gali būti brangus pirkinys, ypač jei tai yra aukštos kokybės mikroskopai. Paprastai tokio tipo mikroskopija yra prieinama tik labai gerai įrengtose laboratorijose.