Fotomikrografija – tai mikroskopinių objektų ar būtybių fotografavimo praktika, dažniausiai moksliniais tikslais. Fotomikrografija plačiai naudojama teismo medicinos laboratorijose ir medicinos tyrimuose, taip pat kitose srityse, kuriose reikia tirti mikroskopines detales. 19–20 amžiais mikrofotografijos, dar vadinamos mikrografijomis, buvo gaminamos sujungiant arba sulygiuojant kino kamerą su mikroskopu – sudėtingas procesas. Skaitmeninė technologija leido elektroniniu būdu sinchronizuoti du įrenginius, kad būtų galima žiūrėti tiesioginius vaizdus realiu laiku.
Fotomikrografija buvo pradėta kurti 1800-aisiais, praėjus vos keliems dešimtmečiams nuo pačios fotografijos atsiradimo. Mokslininkai greitai suprato, kad fotomikrografija palengvins ląstelių struktūros, ligų bakterijų ir kitų mikroskopinių medžiagų tyrimą. Kai XX amžiaus pradžioje kriminalistika buvo pradėta naudoti tiriant nusikaltimus, fotomikrografija tapo svarbia priemone tiriant pėdsakus – smulkias detales, kurios gali susieti įtariamąjį su nusikaltimo vieta.
Kameros priartinimo objektyvai ir mikroskopai veikia tuo pačiu principu: naudojant didinamuosius lęšius, o kartais ir veidrodžius, kad būtų padidintas taškas, išlaikant aiškų fokusavimą. Ankstyvoji mikrofotografija apėmė sudėtingą fotoaparatų ir mikroskopų išdėstymą. Kai kuriais atvejais fotoaparato objektyvas iš tikrųjų buvo pašalintas, todėl mikroskopas veiksmingai tarnavo kaip objektyvas. Skaitmeninės technologijos pašalino tokio kruopštaus įrenginių derinimo poreikį; mikroskopinis vaizdas apdorojamas kaip skaitmeniniai duomenys. Šiuos duomenis galima išsaugoti kompiuteryje, išsaugoti kaip nejudantį vaizdą ar vaizdo įrašą ir padidinti ekrane, kol objektas vis dar yra po mikroskopu.
Fotomikrografija šiais laikais gali būti geriausiai žinoma dėl jos naudojimo apdorojant pėdsakus iš nusikaltimo vietų. Pėdsakai gaunami iš mikroskopinių dalelių, susidarančių susilietus dviem medžiagoms. Pavyzdžiui, žmogus, eidamas per kilimą, ant savo batų rinks kilimo pluoštus, taip pat ant paties kilimo paliks smulkias nešvarumų ar kitų medžiagų daleles nuo batų padų. Tirdami nusikaltimo vietą, tyrėjai gali naudoti mikrofotografiją, kad surastų šiuos mikroelementus ir susietų juos su įtariamuoju. Išskyrus atvejus, kai pėdsakai yra ypač tvirti, norint nuteisti įtariamąjį teisme, reikia surinkti kitus įrodymus.
Mikrofotografija dažnai vaizduojama televizijos kriminalinėse laidose, tokiose kaip NCIS ir Bones, nors ne visada tikroviškai. Fotomikrografija taip pat buvo naudojama kuriant meną. Fotografas ir mokslininkas Romanas Višniakas dažnai demonstruodavo savo mikrografijas kartu su savo menine veikla, įkvėpdamas vėlesnius fotografus ieškoti mikroskopinio grožio vaizdų. Viename revoliucingiausių Višniako vaizdų panaudota fotomikrografija, kad pavaizduotų pasaulį tokį, kokį jį galėtų pamatyti vabzdys įvairiapusėmis akimis.