Genomo anotacija žymi genomo dalis su informacija apie jame esančius genetinius duomenis. Tai yra dalis genomo projektų proceso, kurio tikslas yra ne tik nustatyti tikslinio organizmo DNR seką, bet ir suprasti, ką jis daro ir kaip veikia. Tyrėjai gali rengti anotacijas savo laboratorijose ir gali dalytis duomenimis su kitais mokslininkais, kad sutelktų išteklius ir informaciją. Yra prieinamos visuomenei atviros internetinės duomenų bazės, o kai kurios taip pat leidžia plačiosios visuomenės nariams pateikti savo komentarus.
Pirmasis genomo anotacijos žingsnis yra sekos nustatymas, kai mokslininkai nustato aminorūgščių tvarką organizmo DNR. Viso genomo sekos nustatymas užtrunka ilgai, todėl įprasta, kad mokslininkai anotuoti pradeda prieš genomo dekodavimą. Turėdamas rankoje sekvenuotos DNR dalį, tyrėjas gali pradėti komentuoti. Mokslininkai gali pastebėti, kur genai prasideda ir sustoja, atkreipdami dėmesį į išskirtines DNR eilutes, kuriose yra informacijos apie genomo funkciją.
Kompiuteriai gali patys atlikti tam tikrą genomo anotaciją. Jie gali ieškoti žinomų modelių, pavyzdžiui, aminorūgščių eilučių, atsirandančių genų pradžioje ir pabaigoje. Automatizuotame anotacijoje kompiuteris gali pridėti pastabų į skirtingas DNR eilutės dalis, kad pateiktų informaciją apie ją. Taip pat galima palyginti skirtingų organizmų segmentus, kad būtų galima ieškoti dispersijos, kuri galėtų suteikti svarbios informacijos apie visą rūšį.
Rankinis genomo anotavimas apima fizinį DNR peržiūrą. Daugelis tyrėjų naudoja kompiuterius informacijai rodyti ir pažymėti, kad dirbdami galėtų įvesti ją į duomenų bazes. Kai kuriais atvejais po automatinio komentaro gali prireikti neautomatinės peržiūros, kad įsitikintumėte, jog kompiuteris gavo teisingą informaciją. Tai gali būti kruopštus procesas ir pasitaiko klaidų, o tai yra viena iš priežasčių, kodėl mokslininkai mėgsta kaupti duomenų bazes. Jei komentaras neatitinka kitų toje pačioje DNR dalyje esančių komentarų, žmonės gali įvertinti informaciją, kad nustatytų, kas atsitiko, ir ištaisytų klaidą.
Ne visada įmanoma nustatyti, ką genas veikia genomo anotacijos proceso metu. Mokslininkai gali pažymėti genus ir atskirti juos nuo kitų genomo komponentų, pvz., nekoduojančių DNR, pavyzdžiui, pasikartojimų. Šią informaciją galima panaudoti atliekant tyrimus, kai žmonės kuria teorijas apie skirtingus genomo segmentus. Jie gali pridėti prie anotacijų, kad atkreiptų dėmesį į geno funkciją.