Kas yra genomo naršyklė?

Genomo naršyklė yra žiniatinklio sąsaja, naudojama fiziniam chromosomos žemėlapiui peržiūrėti. Šis žemėlapis rodo, kiek DNR atskiria du genus, matuojant bazių poromis. Žmogaus chromosomų dydis svyruoja nuo 50 milijonų iki daugiau nei 250 milijonų bazinių porų. Genomo naršyklė rodo scheminius ištisų chromosomų vaizdus, ​​taip pat „priartintas“ atskirų genų schemas ir net tikrąją bazinių porų seką.

Genomo naršyklė leidžia vartotojui slinkti per chromosomą ir priartinti tam tikras vietas. Daugelis genomo naršyklių leidžia vartotojui priartinti vaizdą tikrosios DNR sekos peržiūros lygiu, nors tikroji naršyklės nauda yra galimybė peržiūrėti genus didesniame kontekste, o ne peržiūrėti DNR seką nukleotidų lygiu. Vidutinis geno dydis yra 3,000 bazinių porų, todėl priartinus bazinės poros lygiu vartotojas matys mažiau nei visą geną. Didžiausias žmogaus genas – distrofinas – yra 2.4 milijono bazinių porų ilgio.

Be scheminių genų vaizdų peržiūros, genomo naršyklės taip pat gali rodyti kitą naudingą informaciją. Tai gali apimti geno dalį, kuri paverčiama baltymu, vadinama mRNR, ir DNR sekas, kurios atlieka kitas funkcijas, nei koduoja baltymą. Genomo naršyklė taip pat gali parodyti, kurie DNR segmentai buvo naudojami genomo sekos nustatymo procese.

Daugybė organizmų turi sekvenuotus genomus. Nėra vienos naršyklės, kuri būtų standartinė genomikos srityje, todėl genomo naršyklės gali skirtis priklausomai nuo sekvenuotų genomų. Genomo naršyklės turi galimybę ieškoti dominančių genų ar sekų, leidžiančios vartotojui pereiti iš vienos genomo vietos į kitą. Nebūtų efektyvu slinkti per chromosomą, kad patektum į dominančią vietą, nes daugumos chromosomų dydis yra labai didelis.

Kai kurios genomo naršyklės turi įrankius, vadinamus genų rūšiavimo priemonėmis. Šis įrankis rodo tarpusavyje susijusių genų lentelę. Ryšys gali būti vienas iš kelių tipų: sekos homologija, panašus ekspresijos profilis arba genomo artumas. Vartotojas ieško geno naudodamas žodį ar frazę, pasirenka norimo ryšio tipą, o genų rūšiuotojas parodo paieškos rezultatus.