Transformacinės gramatikos teorijoje sakiniai gali būti vaizduojami dviem būdais: giliąja ir paviršine struktūra. Gilioji struktūra reiškia pagrindinę sakinio prasmę, kai ji vaizduojama ir suprantama smegenyse. Jis tarnauja kaip priešprieša paviršiaus struktūrai, kuri yra tikroji sakinio rašytinė arba sakytinė forma. Šią koncepciją sukūrė Noamas Chomskis savo 1957 m. knygoje „Syntactic Structures“, kurioje suformuluota transformacinės gramatikos teorija. Remiantis šia teorija, žmonės naudoja transformacijas, tam tikrą pažinimo proceso tipą, norėdami nustatyti struktūrinius ryšius tarp sakinio referentų, suprantamų kalbiniuose smegenų regionuose, ir tikrojo matomo ar girdimo sakinio turinio.
Giliosios struktūros samprata teigia, kad informacija, susijusi su kiekvienu sakinio komponentu, pavyzdžiui, jo subjektais ir predikatais, yra koduojama į abstrakčias dalis smegenų viduje. Sakiniai, kurie skiriasi savo paviršiaus struktūra, pvz., „Berniukas spardė kamuolį“ ir „Kamuolį spyrė berniukas“, gali turėti tą pačią giliąją struktūrą. Taip yra todėl, kad kiekvieno sakinio sudedamosios dalys smegenyse yra susijusios taip pat, todėl žmonės gali suprasti sakinius kaip semantiškai lygiaverčius, net jei jie skiriasi sintaksine prasme. Naudojant dviprasmiškus sakinius, pvz., „Aš mačiau vairuojantį žmogų“, naudojant tik vieną paviršiaus struktūrą, galima sukurti kelias struktūrines interpretacijas, pertvarkant sudedamąsias dalis, pvz., „Aš mačiau vairuojantį vyrą“ arba „Mačiau vyrą“. kuris paprastai vairuoja“.
Giliai struktūrai, kaip apibūdino Chomsky, galiojo tam tikros taisyklės, kurios yra įgimtos žmogaus smegenyse. Tai apima transformacines taisykles, leidžiančias nustatyti sakinio paviršiaus struktūros reikšmę, pvz., numanomo objekto įtraukimas į sakinį: komanda „Tiesiog vairuok! tampa nurodymu „Vairuoti automobilį“, pavyzdžiui, taikant papildymo taisyklę. Per kitas transformacijas gili minties struktūra paverčiama gramatiškai taisyklingais sakiniais, kuriuos gali suprasti klausytojas ar skaitytojas. Šios taisyklės, kaip ir gebėjimas išlaikyti abstrakčias idėjas smegenyse, pagal teoriją yra įgimtos, todėl žmonių nereikia mokyti užkoduoti kalbą giluminės struktūros požiūriu; tai procesas, kuris vyksta automatiškai. Nors kalbotyroje struktūrų sąvoka išlieka svarbi, dauguma kalbininkų nebetiki, kad gilioji struktūra yra vienintelis būdas, kuriuo žmonės iš kalbos įgyja prasmę.