Filosofinio akmens idėja yra paplitusi Europos mitologijoje. JK Rowling pasiskolino alcheminiu būdu sukurto akmens, turinčio magiškų savybių, idėją populiariajai Hario Poterio serijai. Hario Poterio knygose yra tik vienas filosofinis akmuo, sukurtas Nicolaso Flamelio 1400-aisiais. Flamelio akmuo gali paversti daiktus auksu ir sukurti Gyvybės eliksyrą, kuris suteikia geriančiajam nemirtingumą.
Stebuklingas daiktas pirmą kartą pasirodė „Haris Poteris ir išminties akmuo“, kuris JAV buvo išleistas pavadinimu „Haris Poteris ir išminties akmuo“. „Scholastic“, Amerikos Hario Poterio knygų leidėjas, tikėjo, kad amerikiečių skaitytojai nebus taip patraukti į knygą apie „filosofinį akmenį“. Šis pasirinkimas buvo kritikuojamas kartu su JAV išleistų Hario Poterio knygų amerikonizavimu: buvo padaryti nedideli veikėjų vartojamos kalbos pakeitimai, bijodami, kad amerikiečiai jos nesupras.
Filosofinis akmuo yra esminis knygos elementas. Nicolas Flamel yra Albuso Dumbldoro, Hogvartso raganų ir burtų mokyklos direktoriaus, draugas. Jiedu kartu dirbo alchemijos projektuose, tikriausiai bendradarbiavo su pačiu Filosofinio akmeniu, kad ištirtų jo savybes. Flamelas taip pat kreipiasi į Dumbldorą, kad akmuo būtų saugus, o knygos pradžioje jis buvo perkeltas iš 713 saugyklos Gringotse į Hogvartsą, kur manoma, kad jis yra saugesnis.
Bendradarbiaudamas su keliais mokyklos instruktoriais, Dumbldoras stato daugybę kliūčių filosofiniam akmeniui, kad jį apsaugotų. Užburtų apsaugos priemonių serija skirta sutrukdyti Voldemortui gauti Filosofinio akmens, nes Dumbldoras nerimauja, kad Voldemortas vėl prisikels. Galiausiai Voldemortas sugeba prasiskverbti į visas apsaugas, išskyrus paskutinę: Dumbldoras sumaniai paslepia akmenį Erisedos veidrodyje taip, kad jį galėtų gauti tik tas, kuris nori rasti filosofinį akmenį, bet juo nepasinaudoti.
Pamokoje apie tikslus ir motyvus Haris tai gauna, nes žiūri į veidrodį neketindamas juo pasinaudoti, taip pat sėkmingai atsispiria Voldemorto bandymui jėga paimti išminties akmenį. Po šios kulminacinės scenos Filosofinis akmuo sunaikinamas, kad Voldemortas jo nepasiektų, o Nicolas Flamel ir jo žmona ruošiasi jų mirčiai. Haris iš pradžių nerimauja dėl jųdviejų, tačiau Dumbldoras pabrėžia, kad Flamelis gyvuoja daugiau nei šešis šimtus metų ir tikriausiai yra pasirengęs leistis į „kitą didžiulį nuotykį“ – mirtį.