Higienos hipotezė yra medicinos bendruomenės teorija, leidžianti manyti, kad žmonės iš tikrųjų gali gyventi per daug švarų gyvenimą jų pačių labui. Higienos hipotezės argumentas yra tas, kad ankstyvoje vaikystėje susidūrus su tokiais dalykais kaip bakterijos, parazitai ir kt., imuninė sistema gali išmokyti šiuos dalykus atpažinti, o tai leidžia sutelkti dėmesį į savo pradinę paskirtį, apsaugoti kūną nuo ligų. Remiantis higienos hipoteze, tokio poveikio trūkumas gali lemti didėjantį alergijų skaičių išsivysčiusiame pasaulyje.
Šią koncepciją iš pradžių pasiūlė britų tyrinėtojas Davidas Strachanas 1989 m. Strachanas pažvelgė į daugiavaikių šeimų sveikatą, o ne į mažų, ir išsiaiškino, kad daugiavaikėse šeimose vaikai dažnai buvo sveikesni ir mažiau linkę į alergiją. Strachanas manė, kad tai gali būti susiję su padidėjusiu poveikiu, pavyzdžiui, bakterijoms, kurios būdingos didelėms šeimoms, nes tampa sunku kontroliuoti ligų poveikį, kai dalyvauja didelė vaikų grupė.
Tyrėjai taip pat ištyrė kitas šiuolaikinio žmogaus gyvenimo tendencijas, kurios sumažina kenksmingų organizmų poveikį, pvz., padidėjęs antibiotikų vartojimas ir antimikrobinių valymo priemonių naudojimas namuose. Kai kurie taip pat mano, kad tokių dalykų, kaip sandarios durys ir langai, vystymasis prisidėjo prie alergenų kaupimosi namuose, nes šie daiktai buvo sulaikomi patalpose, o ne leidžiami jiems išplisti.
Tai reiškia, kad žmonės, kurie yra veikiami potencialiai kenksmingų organizmų, sukurs imuninę sistemą, kuri sugebės kovoti su tokiais organizmais, o tai gali padaryti ką nors ištvermingesnį. Remiantis higienos hipoteze, kai imuninė sistema nėra užimta tokiais dalykais kaip kovos su parazitais kūrimas, ji gali išmokti atakuoti atsitiktinius svetimkūnius, tokius kaip žiedadulkės, naminių gyvūnėlių pleiskanos ir pan. Iš esmės, gyvendami „pernelyg švariai“, žmonės gali trukdyti savo imuninės sistemos vystymuisi.
Iš esmės žalingų dalykų poveikis padeda imuninei sistemai susireguliuoti. Joje susidaro specialios ląstelės, vadinamos t-ląstelėmis, kurios kovoja su ligomis, ir šios ląstelės išmoksta atpažinti kenksmingas medžiagas tik jų poveikio metu. Nebuvusi veikiama daugybės organizmų pasaulyje, kurie puola žmogaus kūną, imuninė sistema neturi atskaitos sistemos, o vietoj to ji atakuoja daiktus be jokių patikrinimų ar kontrolės, be kita ko, gali sukelti įvairias autoimunines ligas.
Buvo atlikti keli tyrimai dėl higienos hipotezės ir yra keletas ją patvirtinančių įrodymų. Tai nereiškia, kad turėtumėte apsaugoti savo vaikus nuo daugybės kenksmingų bakterijų ir parazitų, tačiau tai reiškia, kad šiek tiek nešvarumų valgymas nebūtinai gali būti žalingas. Taip pat gali būti naudinga atsisakyti tokių vaistų kaip antibiotikai, kad organizmas išmoktų savarankiškai kovoti su lengvomis infekcijomis.