Hipotekos trūkumas atsiranda, kai būstas parduodamas arba grąžinamas už mažesnę sumą, nei yra skolinga hipotekoje. Pavyzdžiui, jei būsto vertė nuo jo įsigijimo gerokai nukrenta, būsto savininkas gali būti priverstas jį parduoti už daug mažesnę kainą, nei nurodyta hipotekoje. Skirtumas tarp to, kas gauta už būsto pardavimą, ir to, kas vis dar yra skolinga, yra hipotekos trūkumas. Asmenys, kurie pirmą kartą apsidraudė savo būsto paskolą civilinės atsakomybės draudimu, šias lėšas iš draudimo bendrovės galės atgauti bankui grąžinti; tačiau dažniausiai draudimo bendrovė apsisuks ir vėl ateis paskui būsto savininką už tas lėšas.
Hipoteką turinčiam bankui tikrai nesvarbu, ar namas atgaunamas, ar būsto savininkas parduoda būstą savarankiškai; jie tiesiog nori atsiimti, kas yra skolinga už hipoteką. Jei būsto savininkas jos nesumoka, bankas paprastai bus motyvuotas imtis teisinių veiksmų prieš skolininką, kol jis atgaus lėšas. Kai kuriais atvejais būsto pardavimo išlaidos, pvz., vertinimo mokesčiai, nekilnojamojo turto mokesčiai ir uždarymo išlaidos, netgi gali būti pridedamos prie hipotekos trūkumo, o tai dar labiau padidina skolą.
Kaip minėta pirmiau, civilinės atsakomybės draudimas gali būti naudojamas norint sumokėti skolintojui skirtumą dėl hipotekos trūkumo. Tačiau draudimo bendrovė paprašys šių lėšų, todėl jas mokėti reikės praktiškai visada. Kai kurie žmonės yra priversti paskelbti bankrotą, jei negali sumokėti skirtumo dėl hipotekos trūkumo. Kiti bando kitais būdais, pavyzdžiui, bando atsiskaityti su banku už galutinį mokėjimą, net jei tai nėra visa skolinga suma. Ekspertai rekomenduoja, kad tokio tipo sutartis visada būtų rašytinė, kad bankas negalėtų toliau reikalauti mokėjimo po atsiskaitymo.
Jei būsto savininkas yra priverstas parduoti būstą su hipotekos trūkumu, jis liks jo kredito ataskaitoje. Dėl to ateityje gali būti sudėtingiau įsigyti būstą arba gauti bet kokią kitą paskolą – nuo asmeninės paskolos iki paskolos automobiliui. Būsto savininkams paprastai patariama imtis visų įmanomų žingsnių, kad būtų išvengta būsto paskolos trūkumo, o jei nėra galimybės parduoti būsto už hipotekos vertę, imtis priemonių, kad skola būtų kuo greičiau išspręsta, kad būtų sumažintas neigiamas poveikis kreditui.