Homeopatijos istoriją galima atsekti iki 1779 m., kai daktaras Samuelis Hahnemannas įgijo medicinos laipsnį ir pradėjo eksperimentuoti su skiestomis medžiagomis, kad išgydytų ligas. Šis vokiečių gydytojas sukūrė „panašumo įstatymą“, kuris išliko pagrindine prielaida per visą homeopatijos istoriją. Kad gydymas būtų veiksmingas, jis turi sukelti pačios ligos simptomus, Hahemannas per 50 metų praktikuodamas homeopatinius vaistus iškėlė teoriją.
Homeopatija išsivystė iš tipiškų gydymo būdų, naudotų XVIII amžiaus pabaigoje, kuriame buvo paplitę prietarai, kodėl žmonės susirgo. Epochos gydytojai naudojo vėmimą, klizmas, kraujo nuleidimą ir vaistažoles, kad išlaisvintų kūną nuo ligų. Daugelis pacientų pablogėjo ir mirė nuo šių gydymo būdų.
Daktaras Hahnemannas homeopatijos istorija susidomėjo versdamas į vokiečių kalbą kito daktaro disertaciją. Jis eksperimentavo su cinchona žievės skiedimu, tuo metu priimtu maliarijos gydymo būdu. Po kelių dienų Hahnemannas pradėjo skausmą ir karščiavimą, kurie buvo laikomi ankstyvaisiais įspėjamaisiais maliarijos požymiais. Jis padarė išvadą, kad vaistas turi sukelti ligos simptomus, kad taptų veiksmingas. Kai kurie gydytojai pasmerkė šias teorijas, įskaitant amerikiečių gydytoją ir rašytoją Oliverį Vendelą Holmsą.
Hahnemann išvados paskatino atidaryti šimtus homeopatinių ligoninių ir mokyklų visame pasaulyje. Homeopatija išpopuliarėjo, nes nuo šių mažiau toksiškų vaistų mirė mažiau žmonių. Šiuo metu homeopatijos istorijoje tradiciniai gydytojai vis dar daugiausia dėmesio skyrė ligų ir gydymo būdų tyrimams.
XX amžiaus pradžioje atsirado atradimų, kaip mikrobai prisideda prie ligų. Susidomėjimas homeopatija pradėjo blėsti, o mokyklos, kuriose mokoma šios medicinos formos, pradėjo uždaryti. Homeopatijos vartojimo atgimimas atsirado aštuntajame dešimtmetyje, kai žmonės pradėjo domėtis holistiniu požiūriu į ligas.
Šiuolaikinėje homeopatinėje praktikoje naudojama daugiau nei 3,000 vaistų nuo įvairių negalavimų. Homeopatija apibrėžia vaistą kaip tam tikros medžiagos naudojimą ligai gydyti, o tai skiriasi nuo tradicinės medicinos naudojimo ligoms gydyti prasmės. Medžiagos gali būti gaunamos iš augalų, mineralų, gyvūnų ir sintetinių produktų, kurie yra labai atskiesti. Kai kurie gydytojai skiria sergančius kūno skysčius, įskaitant kraują, šlapimą ir išmatas mažomis dozėmis, vadinamomis nozodomis. Kiti homeopatiniai gydymo būdai naudoja surinktą lietaus vandenį kaip priemonę.
Indijoje homeopatijos istorija siekia 1835 m., kai rumunų gydytojas Johnas Martinas Honigbergeris buvo pakviestas gydyti įtakingą maharadžą dėl patinusių pėdų ir paralyžiuotų balso stygų. Maharadža buvo išgydyta ir padarė tokį įspūdį, kad užsisakė homeopatinį gydymą arkliui, sergančiam kojos opa. Vėliau daktaras Honigbergeris išgarsėjo kaip choleros gydymo Indijoje ekspertas.