Ilinojaus valstijos vėliavos istorija prasidėjo kaip vieno iš Amerikos revoliucijos dukterų (DAR) valstijos skyrių nario idėja. Nors Ilinojus buvo priimtas į Sąjungą 1818 m., beveik po 100 metų nebuvo oficialiai paskirta jokia valstybės vėliava. Nuo 1912 m. ponia Ella Lawrence pradėjo kampaniją per Ilinojaus DAR skyrius, siekdama, kad įstatymų leidėjas oficialiai priimtų valstybės vėliavą. 1915 m. ji pastebėjo, kad jos kampanija sėkmingai baigėsi, kai buvo priimtas projektas ir galutinis teisės akto, patvirtinančio valstybės vėliavą, priėmimas. Po daugelio metų, 1970 m., pradinis dizainas buvo šiek tiek pakoreguotas; antroji vėliava tada buvo pavadinta oficialia Ilinojaus valstijos vėliava, pakeičiančia pirminę.
Po to, kai 1911 m. buvo išrinkta Ilinojaus valstijos DAR regente, ponia Lawrence dalyvavo kasmetinėje organizacijos nacionalinėje konferencijoje Vašingtone. Būdama posėdžių salėje, kurioje buvo iškabintos valstijos vėliavos, ji greitai pastebėjo, kad Ilinojaus valstijoje niekas jos neatstovavo. Grįžusi namo ji surengė vietinių DAR skyrių konkursą, kad sukurtų oficialią Ilinojaus valstijos vėliavą, o skyriui, pateikusiam geriausią koncepciją, skyrė 25 USD (USD) prizą. Per ateinančius dvejus metus komisijai, kurioje dalyvavo Ilinojaus valstybės sekretorius, buvo pateikti 35 darbai. Laimėjusį Ilinojaus valstijos vėliavą sudarė valstybės antspaudas, iš pradžių priimtas 1819 m., baltame lauke; jį galutinai patvirtino įstatymų leidėjas 1915 m.
Įdomu tai, kad vėlgi dėl vieno iš valstijos piliečių veiksmų Ilinojaus valstijos vėliavos dizainas buvo pakeistas septintojo dešimtmečio pabaigoje. 1960 m. Vietname tarnaujantis Ilinojaus gyventojas atkreipė dėmesį į daugybę valstijų vėliavų, kabėjusių valgykloje, kurioje jis kasdien valgydavo. Iš visų šių vėliavų Ilinojaus valstijos vėliavos kilmė buvo nuosekliausia abejojama. Taip atsitiko dėl to, kad valstybės pavadinimas nebuvo projekto dalis.
Grįžęs namo vyriausiasis pareigūnas Bruce’as McDanielas savo atstovui valstijos įstatymų leidžiamojoje institucijoje perdavė susirūpinimą dėl šios vėliavos dizaino praleidimo ir pateikė peticiją, kad dizainas būtų pakeistas įtraukiant žodį „Ilinojus“. Vėliau jo atstovas sutiko paremti tokį įstatymo projektą, kurį priėmė įstatymų leidėjas ir pasirašė įstatymą 1970 m. Išskyrus šį vienintelį pakeitimą, Ilinojaus valstijos vėliava nuo jos priėmimo 1915 m. liko nepakitusi.