Infekciją sukelia svetimų ląstelių, pavyzdžiui, žmonių bakterijų, kurios kenkia šeimininkui, invazija. Paprastai organizmas šeimininkas laikomas „kolonizuotu“ jam nepriklausančių ląstelių. Šios svetimos ląstelės turi būti kenksmingos šeimininko organizmui, kad kolonizacija būtų laikoma infekcija.
Yra daugybė gyvų būtybių, kurioms naudinga kitų ląstelių kolonizacija, atvejų. Du atskiri organizmai gali turėti simbiotinį ryšį vienas su kitu, o tai nekenkia nė vienam organizmui. Arba ląstelių (arba parazitų) kolonija gali neturėti jokio poveikio šeimininko organizmui, bet gali būti naudinga kolonijai. Pavyzdžiui, stafilokoko ir streptokokų bakterijos dažniausiai randamos ant žmonių ir daugumos žinduolių odos. Nebent bakterijos suserga žmogų ar gyvūną, tai nėra infekcija.
Yra daug įvairių infekcinių agentų tipų. Ne tik bakterijos, bet ir virusai, parazitai ir grybeliai gali sukelti problemų šeimininkui. Kartais šios ne-šeimininkės ląstelės iš tikrųjų veikia kartu, kad išvengtų infekcijos. Pavyzdžiui, jei sergate gerklės uždegimu, jums dažnai skiriami antibiotikai. Tai puikiai naikina streptokokines ląsteles. Problema ta, kad žmonių kūne taip pat yra tam tikras kiekis grybelinių ląstelių, vadinamų mielėmis.
Kai įprastos odos bakterijos ir mielės yra kartu, jos nekelia problemų žmonėms. Jie kovoja tarpusavyje, o ne su žmogaus kūnu, todėl kiekvienos kolonijos lygis išlieka subalansuotas. Kai į mišinį patenka antibiotikai, be infekcinių bakterijų, staiga galite nužudyti gerąsias bakterijas, kurios kontroliuoja mielių kiekį. Tai gali sukelti grybelinę ar mielių infekciją, nes buvo sutrikdyta kolonijų pusiausvyra. Antibiotikai taip pat gali sukelti skrandžio sutrikimus ar viduriavimą, nes naudingos bakterijos taip pat gyvena žarnyne ir gali jas nužudyti.
Kitos infekcijos atsiranda, kai staiga patenka svetima kolonija. Žmonės, keliaujantys į šalis, kuriose geriamajame vandenyje yra daug parazitų, į savo organizmą gali įsinešti specifinių parazitų. Keliautojų viduriavimas dažniausiai atsiranda dėl to, kad organizmas gauna parazitų ar bakterijų. Be to, parazitai, tokie kaip kaspinuočiai, gali palaipsniui pakenkti žmonėms, augdami kūno viduje. Tai būtų laikoma parazitine infekcija.
Kartais pradinė kitų organizmų kolonizacija šeimininkui daro mažai žalos. Kaspinuočiai žmonių organizme gali gyventi metų metus, žmogui nerodant jokių simptomų. Tačiau galiausiai kaspinuočiai pakenks, todėl juos aptikę žmonės dažniausiai vartoja specialius vaistus nuo kirminų, kad kaspinuočiai būtų pašalinti.
Daugeliu atvejų raktas į supratimą apie infekciją yra sąvoka „žalos šeimininkui“. Nesvarbu, ar šią žalą šiuo metu sukelia kolonija, ar galima kolonizacijos priežastis, infekcijoms dažnai reikia medicininės pagalbos. Vienintelė išimtis yra tais atvejais, kai žmones kolonizuoja laikinos virusų kolonijos. Paprastai sveikų žmonių organizmas kovoja su infekcija, pavyzdžiui, peršalimu, ir dažnai sėkmingai kovoja. Su keliais virusais, tokiais kaip ŽIV, organizmas nepavyksta sėkmingai kovoti, todėl reikia didelių antivirusinių vaistų dozių, kad virusas nepadarytų didelės žalos arba uždelstų jį. Kai kurie virusai išlieka atsparūs gydymui, pavyzdžiui, Vakarų Nilo virusas ir Ebolos virusas.