Johnas Edgaras Hooveris yra prieštaringiausias FTB direktorius JAV istorijoje. Nors per savo gyvenimą jis buvo gerai gerbiamas, ginčai įsiplieskė po jo mirties 1972 m. Kai kurių šaltinių teigimu, J. Edgaras Hooveris piktnaudžiavo savo valdžia, persekiodamas tam tikras asmenybes dėl politinių įsitikinimų, o ne dėl nusikalstamos veiklos.
1 m. sausio 1895 d. gimęs J. Edgaras Hooveris Džordžo Vašingtono universitete baigė teisės studijas ir beveik iš karto pradėjo dirbti Teisingumo departamente. Dėl greito proto ir aukšto intelekto jie buvo paaukštinti, o iki 1924 m. jis buvo paskirtas BOI (Tyrimų biuro), vėliau pervadinto FTB, vadovu. Jis išliko direktoriaus pareigas 49 metus, o tai labai kritikavo prezidentai ir teisėsauga. Po jo mirties FTB priėmė įstatymą, apribojantį FTB direktorių kadenciją iki dešimties metų.
J. Edgaras Hooveris pelnė pripažinimą už tai, kad per Antrąjį pasaulinį karą sulaikė JAV pakrantėje skraidinusių vokiečių povandeninių laivų narius. Jis taip pat buvo atsakingas už geresnės, didesnės pirštų atspaudų failų sistemos versijos sukūrimą, todėl buvo sukurta FTB laboratorija. J. Edgaras Hooveris sukūrė FTB mokymo akademiją ir sutelkė dėmesį į daugiau agentų įdarbinimą, kad agentūra būtų išplėsta.
Kita vertus, J. Edgaras Hooveris įgijo politinio persekiojimo reputaciją, ypač prieš tuos, kurie, jo manymu, yra „kalti“ dėl komunizmo priėmimo ar taikos sutrikdymo. Tai apėmė daug nepolitinių veikėjų, tokių kaip Martinas Lutheris Kingas jaunesnysis, Charlesas Chaplinas ir Juodosios panteros partija. J. Edgaras Hooveris taip pat buvo labai kritikuojamas dėl to, kad neįsigilino į prezidento Johno F. Kennedy nužudymą. Kol FTB atliko tyrimą, agentūra atsisakė svarstyti sąmokslo idėją, kuri verčia kitus manyti, kad JFK mirtyje dalyvavo viešai neatskleista informacija. J. Edgaras Hooveris laikė slaptus daugelio savo laikų aukščiausių politinių lyderių bylas, kurias, daugelio manymu, naudojo valdydamas ir įbaugindamas galingas asmenybes.
Per visą savo karjerą J. Edgaras Hooveris mafijos atžvilgiu buvo labai atlaidus. Ekspertai mano, kad taip yra todėl, kad skirtingos mafijos organizacijos turėjo smerktinos informacijos apie Hooverio, kaip homoseksualaus ir keiksmažodžio, gyvenimą, kurią naudojo šantažuodami jį paklusti. Ar tai tiesa, ar ne, jau dešimtmečius buvo karštų diskusijų tema ir iki šiol lieka neaišku.