Klinikinė pneumonija yra būdas klasifikuoti pneumoniją pagal tai, kiek laiko asmuo sirgo plaučių uždegimu, ir kaip jis susirgo šia liga. Kadangi yra daug biologinių ir nebiologinių pneumonijos priežasčių, ši klasifikavimo sistema yra būtina, kad pacientas galėtų kuo greičiau pradėti gydymą. Priskyrus pneumoniją ūminei ar lėtinei, gydytojas nustato, ar tai bendruomenėje, ar ligoninėje. Kadangi pneumonijos priežastis gali nepaisyti šių pasirinkimų, didėja klaidingų diagnozių problema.
Plaučių uždegimo diagnozavimo problema yra ta, kad pačią būklę, plaučių audinio uždegimą ir plaučius, užpildytus skysčiu, gali sukelti parazitai, grybeliai, bakterijos arba aplinkos sąlygos, pvz., dulkės. Kadangi pneumonija gali greitai tapti pavojinga gyvybei, gydytojai turi sistemingai diagnozuoti pagrindinę priežastį. Ištyrus klinikines savybes, kaip ir kada atsiranda pneumonija, gydytojas gali diagnozuoti klinikinę pneumoniją. Pavyzdžiui, jei klinikinė diagnozė atskleidžia, kad paciento plaučių uždegimą greičiausiai sukėlė bakterija, pacientui skiriami plataus spektro antibiotikai. Jei antibiotikai neveiksmingi, gydytojas turi patikslinti savo klinikinę diagnozę.
Pirmas žingsnis, kurį gydytojas atlieka diagnozuodamas klinikinę pneumoniją, yra nustatyti, ar pneumonija yra ūminė ar lėtinė. Ūmine pneumonija sergančiam pacientui ši būklė išsivystė per tris savaites prieš apsilankant pas gydytoją. Lėtinė pneumonija yra būklė, kuri trunka ilgiau. Skirtumas yra svarbus, nes jei gydytojas gali nustatyti, ar plaučių uždegimas yra ūmus, ar lėtinis, jis gali gerokai susiaurinti galimų priežasčių sąrašą. Prieš pradedant gydymą, vis tiek būtina žinoti, kur pacientas įgijo pneumoniją.
Bendruomenėje įgyta ir ligoninėje įgyta klinikinė pneumonija yra du pasirinkimai, kuriuos gydytojas apsvarsto prieš gydydamas savo pacientą. Bendruomenėje įgytas priežasčių sąrašas susiaurina iki tam tikrų bakterijų ir virusų rinkinių. Tai labiausiai paplitęs tipas. Įsigyta ligoninėje laikoma tik tuo atveju, jei pacientas neseniai buvo ligoninėje arba jei plaučių uždegimas išsivystė gulint ligoninėje. Bakterijų grupė, įskaitant MRSA, sukelia ligoninėje įgytą klinikinę pneumoniją.
Nors kliniškai diagnozavus pneumoniją paprastai galima pradėti gydymą anksčiau ir išsaugoma daugiau gyvybių, klaidinga klinikinės pneumonijos diagnozė, kurią sukėlė cheminis ar nebiologinis veiksnys, yra reali galimybė. Sunkios dulkės ir kai kurios aerozolinės cheminės medžiagos sukelia tokius pačius simptomus kaip virusinė ar bakterinė pneumonija. Pacientas gali gauti netinkamą gydymą, kol jo būklė blogėja. Be to, naujų pneumoniją sukeliančių virusų, tokių kaip SARS, atsiradimas verčia gydytojus persvarstyti bendrą klinikinės diagnozės veiksmingumą.