Kontroliuojamas eksperimentas yra toks, kurio metu griežtai kontroliuojami kintamieji, paprastai vienas ar keli kintamieji pakeičiami arba „manipuliuojami“, o visi kiti kintamieji išlieka tokie patys. Tai vienas iš daugelio mokslinių tyrimų tipų bruožų. Kai hipotezė tikrinama, ji nebus patikrinta taip efektyviai, jei yra keli kintamieji, galintys turėti įtakos rezultatui. Bandymas sukurti aplinką, kurioje būtų pašalintas didžiausias kintamųjų skaičius, gali padėti padaryti bandymų rezultatus patikimesnius.
Jei kas nors norėtų ištirti augalų reakciją į tam tikro tipo garsą, būtų galima sukurti kontroliuojamą eksperimentą ir greitai prarasti kontrolę. Asmuo gali gauti šešis augalus ir sudėti kiekvieną į kitą vietą namuose. Tada jis galėjo atskleisti augalus garsui skirtingu paros metu. Nesunku pastebėti, kiek kintamųjų veikia: augalai nėra toje pačioje vietoje, garsas neskamba tuo pačiu paros metu, o augalai gali būti net ne tos pačios rūšies.
Siekdamas labiau kontroliuoti šį eksperimentą, tyrėjas galėtų atlikti keletą dalykų. Jis galėjo įsigyti maždaug tokio paties dydžio augalą ir tikrai tos pačios rūšies augalus, taip pat visus augalus laikyti toje pačioje vietoje. Tai reikštų, kad kiti veiksniai, pvz., skirtingas šviesos poveikis, nesugadins rezultatų. Tas pats garsas taip pat turėtų būti grojamas tuo pačiu metu.
Iš esmės tikslas būtų padaryti viską kuo panašesnį prieš pradedant bandymą. Tai leidžia tyrėjui manipuliuoti vienu kintamuoju – garso poveikiu – nustatyti, kokį poveikį jis gali turėti augalams. Tuo pačiu metu eksperimentas turi žiūrėti į augalų elgesį be garso.
Todėl augalų, kiek įmanoma panašesnių į pirmąją grupę, mėginys turėtų būti laikomas beveik identiškoje aplinkoje. Tokiu būdu yra pagrindas palyginti augalų elgesį, kai jis yra veikiamas garsų, ir augalų elgseną, kai jo nėra. Antroji grupė, kuriai netaikomas manipuliuojamas kintamasis, dažnai vadinama kontroline grupe.
Atlikti kontroliuojamą eksperimentą gali būti labai sunku, nes lengva nepastebėti kintamojo ir jo nesuvaldyti. Ypač sudėtinga yra bandymas tokiu būdu ištirti žmonių reakcijas. Žmonės yra įvairūs: jie būna įvairaus dydžio, turi skirtingus genetinius žymenis ir elgiasi labai įvairiai. Tokiems dalykams kaip narkotikų tyrimai mokslininkams gali tekti ieškoti žmonių, kurių amžius, sveikatos būklė ir daugelis kitų sričių yra panašūs, kad rezultatai nebūtų sugadinti. Jie taip pat turi rasti panašią žmonių grupę, kuri veiktų kaip kontrolinė grupė ir negautų narkotikų ar manipuliuojamų kintamųjų.