Mechaninė scena yra mikroskopo priedas, kuris laiko stiklelius vietoje ir leidžia vartotojui tiksliai valdyti jų padėtį. Šie prietaisai gali būti naudingi manipuliuojant skaidres esant dideliam padidinimui ir atliekant subtilius veiksmus, kai padėtis yra labai svarbi. Galimi priedai, skirti mikroskopo pagrindinei scenai, plokščiai platformai su spaustukais, paversti mechanine. Kai kuriuose naujuose modeliuose yra mechaninės pakopos arba pasirenkami priedai. Ypač didelio galingumo mikroskopams gali prireikti mechaninių etapų, kad jie veiktų geriausiai.
Norėdamas naudoti mechaninę sceną, operatorius pastato čiuožyklą ant scenos ir prispaudžia ją į vietą. Okuliarus galima reguliuoti taip, kad būtų užtikrintas norimas fokusavimas ir padidinimas, kad vartotojas galėtų peržiūrėti skaidrę. Užuot rankiniu būdu perjungęs skaidrės padėtį, kad žiūrėtų į kitą sritį, vartotojas valdo mechaninę pakopą, kad patrauktų skaidrę į kitą sritį. Daugelis dirba su reguliuojamomis rankenėlėmis. Iš pradžių naudotojams gali tekti eksperimentuoti, nes slankiklio orientacija gali būti paini, kai jie žiūri pro okuliarus.
Esant labai dideliam padidinimui, operatorius gali norėti atlikti mikrojudesį, kad pamatytų kitą skaidrės dalį. Rankinis padėties keitimas nepasiūlo turimo tikslumo laipsnio, o mechaninė pakopa – tai. Vartotojas gali ant scenos pasižymėti X ir Y ašių koordinates, kad atidžiai pakeistų skaidrės padėtį. Skaidrę galima perkelti naudojant mechaninius valdiklius, kad būtų galima ją nuskaityti, todėl vartotojas gali ieškoti kažko ypač dominančio ir sustoti, kad jį apžiūrėtų atidžiau.
Be slydimo pirmyn ir atgal bei aukštyn ir žemyn, mechaninė scena gali pasiūlyti kampo valdymą. Kartais reikia pakreipti stiklelius ar pavyzdžius. Technikas gali pajudinti rankenėles, kad pakeistų kampą ir iš kitos perspektyvos išnagrinėtų kristalų struktūrą ar panašų reiškinį. Tokios mechaninės pakopos yra sudėtingesnės ir jas gali būti sunkiau išmokti valdyti, todėl jos dažniausiai įrengiamos tik tada, kai jos yra būtinos.
Kompiuteriu valdomi mikroskopai gali leisti technikui valdyti mechaninę stadiją su užprogramuotais komentarais arba laisvų rankų įranga. Sekas galima įvesti į kompiuterį, kuris atlieka reikiamus koregavimus, taip pat kai kuriais atvejais galima valdyti žodiniais įsakymais. Tai gali būti naudinga vykdant veiklą, pvz., demonstracijas, kai mokslininkas gali norėti sutelkti dėmesį į informacijos pateikimą. Vartotojas gali iš anksto užprogramuoti nustatymus, kad galėtų perkelti skaidrę ir aptarti skirtingas funkcijas, kai jos atsiranda.