Migrenos operacija paprastai naudojama kaip paskutinė išeitis, kai kiti gydymo metodai nebuvo sėkmingi, nes yra galimų komplikacijų, susijusių su bet kokia chirurgine procedūra. Galimos kelios migrenos operacijos rūšys, priklausomai nuo pagrindinės galvos skausmo priežasties. Populiariausios procedūros yra arterijų chirurgija, atviras angos ovalo uždarymas ir trigerinės vietos atpalaidavimas. Nugaros smegenų stimuliavimas gali būti geras pasirinkimas tiems, kurie kiekvieną mėnesį kenčia nuo kelių migrenos priepuolių. Bet kokius konkrečius klausimus ar rūpesčius, susijusius su įvairiomis migrenos operacijomis arba tinkamiausia procedūra konkrečiai situacijai, reikia aptarti su gydytoju ar kitu medicinos specialistu.
Arterijų chirurgija yra dažniausiai atliekama migrenos chirurgijos rūšis ir ji skiriama tais atvejais, kai yra padidinta viena ar kelios miego arterijos šakos, esančios kakle. Kai šios kraujagyslės yra chirurginiu būdu suremontuotos, dauguma pacientų pajus skausmą, taip pat sumažės susijusių migrenos simptomų, tokių kaip pykinimas ir jautrumas šviesai bei garsui. Šio tipo procedūroms atlikti pjūviai paprastai dedami į plaukų liniją, kad neliktų matomų randų, o rimtų komplikacijų pasitaiko retai.
Patentinis foramen ovale uždarymas yra migrenos operacijos forma, kuri naudojama, kai dėl apsigimimo širdyje yra skylė. Įrodyta, kad šis defektas sukelia lėtinę migreną, kuri dažnai nereaguoja į tradicinius gydymo metodus. Su šia chirurgine procedūra susijusi didelė rizika, nes atsitiktinis širdies audinio pažeidimas gali sukelti širdies sustojimą arba mirtį.
Trigerio vietos atleidimas gali būti pasirinktas kaip pageidaujamas migrenos operacijos tipas tais atvejais, kai manoma, kad galvos skausmus sukėlė uždegimas ar pažeisti nervai. Atsižvelgiant į konkrečius sužalotus nervus, atpalaidavimo vietoje gali reikėti chirurginiu būdu atjungti pažeistą nervą arba nukirpti netoliese esantį raumenį ir vėl pritvirtinti sveikus galus. Dalinis paralyžius yra viena iš dažniausiai pasitaikančių šios procedūros komplikacijų.
Nugaros smegenų stimuliacija skirta tiems, kurie kelis kartus per mėnesį kenčia nuo sunkios migrenos ir nereagavo į kitas gydymo galimybes. Prietaisas, žinomas kaip nugaros smegenų stimuliatorius, chirurginiu būdu implantuojamas po stuburą dengiančia odos sritimi ir yra skirtas skausmo signalams nutraukti. Prietaisas gali būti pašalintas, jei šis gydymo metodas nepakankamai sumažina skausmą.