Mikrobų patogenezė yra procesas, kurio metu mikroorganizmas sukelia ligą. Mikroorganizmai, galintys sukelti mikrobų patogenezę, yra bakterijos, grybai ir virusai. Šių organizmų formos, sukeliančios ligas, vadinamos patogenais. Mikrobų patogenezė seka ligos kilmę ir priežastis, kaip ji pasireiškia organizme ir kaip organizmas į ją reaguoja.
Žmogaus kūne yra keturi pagrindiniai patogenezės tipai. Uždegimas yra audinių patinimas organizme, kai problema sprendžiama ir užkrėstas audinys pakeičiamas. Piktybinis navikas yra nenormalus ląstelių dauginimosi vystymasis, kuris dažnai būna vėžio atveju. Audinių skilimas arba nekrozė yra ląstelių žūtis, nepatenka į normalų ląstelių ciklą. Infekcija atsiranda, kai ląstelės yra užkrėstos bakterijomis, grybų sporų virusais.
Infekcijos yra labiausiai tikėtina mikrobų patogenezės forma, nors uždegimai gali atsirasti kaip šalutinis infekcijos produktas. Bet kuri tokia infekcija gali būti suskirstyta į tris dideles kategorijas. Ūminė infekcija yra gana trumpa, baigtinė ir greitai prasidedanti. Lėtinė infekcija trunka ilgiau ir su ja susidoroti sunku. Pasikartojanti infekcija gali prasidėti greitai arba lėtai, bet išnyks tarsi išgydyta ir vėl pasikartos.
Kiekviena infekcija per mikrobų patogenezę vyksta trimis plačiais etapais. Tai yra pradinė infekcija, dauginimasis ir rūšies tęsinys. Pastarosios dvi yra pagrindinės bet kokios infekcijos priežastys. Mikroorganizmui reikia didesnio organizmo, pavyzdžiui, žmogaus, kad galėtų daugintis ir plisti. Dauginimasis arba replikacija dažnai vyksta ląstelėje.
Mikroorganizmo tikslas, kai jis pradeda daugintis, yra pašalinti savo versijas iš kūno, kol organizmo savigynos pajėgos jį sunaikins. Kūnas paprastai reaguoja naudodamas baltųjų kraujo kūnelių, dar vadinamų makrofagais, ir antikūnų mišinį. Todėl mikroorganizmas bandys pasišalinti iš organizmo, kad užkrėstų žmogų, kurio imuninė sistema nėra tokia, kad ją akimirksniu atstumtų.
Tai reiškia, kad pradinė infekcijos fazė ir paskutinė perdavimo fazė yra neištrinamai susijusios – yra keturi pagrindiniai mikroorganizmų patogenezės perdavimo iš vieno žmogaus į kitą būdai. Pirmoji – per aerozolius, tokius kaip vandens lašeliai kosint ir čiaudint. Antrasis yra nurijus arba per išmatas. Trečiasis yra pernešamas pernešėjų, kaip ir kitų gyvūnų, tokių kaip uodai ir erkės. Ketvirtasis pagrindinis kelias – kūno skysčių mainai sekso metu, kraujo perpylimai ir bučiniai.
Infekcijos sėkmė taip pat priklauso nuo daugelio veiksnių. Vienas iš veiksnių yra mikroorganizmo prigimtis ir jo dauginimosi būdas. Kitas dalykas yra užsikrėtusio asmens imuninė būklė. Jei asmuo anksčiau turėjo sąlytį su mikroorganizmu, tikėtina, kad kūnas bus gerai pasirengęs jį atbaidyti.