Mikrofauna – tai maži gyvūnai ir vienaląsčiai organizmai, matomi tik pro mikroskopą. Paprastai jie apibrėžiami kaip tvariniai, mažesni nei 0.1 mm (100 mikronų), o mezofauna – 0.1–2 mm dydžio organizmai, nors apibrėžimai gali skirtis.
Dirvožemyje mikrofaunos gali būti daug – paprastai keli tūkstančiai viename grame. Kiekvienas gali paimti šiek tiek drėgnos dirvos, pakišti ją po mikroskopu ir rasti šiuos organizmus. Kai kurie iš labiausiai paplitusių ir svarbiausių pavyzdžių yra pirmuonys (vienaląsčiai eukariotai), erkės (vienos įvairiausių ir sėkmingiausių iš visų gyvūnų), spyruokliniai uodegai (susiję su vabzdžiais), nematodai (skaidrios kirmėlės būtybės), rotiferiai (pavadinti dėl savo rato tipo blakstienos burnos ertmės) ir tardigradai, taip pat žinomi kaip „vandens lokiai“, vienas iš atspariausių organizmų gamtoje. Mikrofaunos galima rasti visame pasaulyje, visur, kur yra šlapias dirvožemis, ir kai kuriose kitose vietose. Springtails buvo aptiktos Antarktidos McMurdo sausuosiuose slėniuose, vienoje iš šalčiausių ir sausiausių vietų Žemėje.
Mikrofauną lydi mikroflora, kurią sudaro dumbliai, bakterijos, grybai ir mielės, galinčios virškinti beveik visas organines medžiagas ir kai kurias neorganines medžiagas, tokias kaip TNT ir sintetinis kaučiukas.
Didesni gyvūnai, taip pat aptinkami dirvožemyje, vadinami mezofauna, pvz., sliekais, nariuotakojais ir dideliais nematodais, ir makrofauna, kuri apima besikasančius žinduolius, tokius kaip kurmiai ir triušiai. Dėl mažo dydžio ir didelės įvairovės mikrofauna yra mažiausiai suprantama dirvožemio gyvybė. Daugelis yra vadinamųjų „kriptozojų“ – gyvūnų, kurių mokslas lieka neapibrėžtas. Iš 10–20 milijonų gyvūnų rūšių pasaulyje tik 1.8 milijono buvo pavadinti moksliniais pavadinimais, o daugelis likusių milijonų tikriausiai priklauso šiai grupei, daugelis jų yra tropikuose.
Mikrofauna gyvena mažose porose tarp dirvožemio grūdelių, o daugelis jų yra vandens. Kai kurie yra sėslūs, ty visą gyvenimą prisitvirtina prie substrato ir niekada nejuda. Šie gyvūnai apvaisina savo draugus, išskirdami blakstienas spermatozoidus, o patys lieka vietoje. Jų galima rasti ir ant žmogaus kūno, o vidutiniuose žmogaus namuose yra tūkstančiai erkių, kurios pragyvena virškindamos negyvas odos ląsteles.