Žodis „mikroflora“ reiškia gyvų mikroskopinių organizmų, klestinčių gyvų būtybių organuose, rinkinį. Šie mikrobai, kurie egzistuoja tokiose vietose kaip skrandis, ryklė ir makštis, yra grybai, bakterijos ir virusai; jie veikia kaip apsauginės medžiagos, stiprinančios imuninę sistemą arba destruktyvios, silpninančios organizmą. Kai kuriose apylinkėse gyvena mikroflora, apimanti virusus ir kirminus. Mikrofloros, dar vadinamos mikrobiota, gyventojai gali būti naudingi arba kenksmingi, priklausomai nuo to, ar jie yra anaerobiniai ar aerobiniai. Šakninis žodis „flora“ rodo, kad mikroflora reiškia žieduose gyvenančius mikrobus; Tačiau šis žodis išsivystė pirmiausia reiškiantis gyvūnų viduje esančias ekosistemas.
Daugumos mikroflorų viduje esantys palankūs ir maistingi mikrobai paprastai vadinami probiotikais; jie yra anaerobiniai. Bifidobakterijos ir laktobacilos yra du labiausiai paplitę probiotikai daugelio gyvūnų mikrofloroje. Laktobacilus traukia aplinka, kurioje daug cukraus ir krakmolo. Daugelio gydytojų teigimu, jie gamina pieno rūgštį, kuri, pasak daugelio gydytojų, aprūpina raumenis papildoma energija; kai kuriose kūno vietose laktobacilos gamina dezinfekcinį vandenilio peroksidą. Laktobacilų bakterijos, daugiausia esančios žarnyne, makštyje ir šlapimo takuose, tariamai padeda teigiamai organizmo mikroflorai apsisaugoti nuo patogenų, kurie yra ligas sukeliantys mikrobai.
Bifidobakterijos, panašiai kaip laktobacilos, taip pat gyvena žarnyne ir makštyje, gamindamos apsauginę pieno rūgštį. Šios bakterijos yra žinomos kaip užkertančios kelią opoms ir viduriavimui, kai jų yra pakankamai. Jie taip pat tariamai padeda sumažinti krūtų skausmą, egzemą ir gripą. Vėžiu, hepatitu, mieliagrybių infekcijomis taip pat padeda bifidobakterijos.
Mikroflora geriausia, kai subalansuota. Kai probiotikų santykis yra iškreiptas, dėl didelės kenksmingų bakterijų, tokių kaip stafilokokai, mielės ir streptokokai, koncentracijos gali atsirasti infekcijų ir ligų; organai taip pat gali nustoti tinkamai funkcionuoti. Prasta mityba, ligos ir vaistai, tokie kaip chemoterapija, gali sunaikinti gerąsias bakterijas ir sunaikinti mikrobiotos pusiausvyrą. Genetika, aplinkos teršalai ir stresas taip pat gali sunaikinti bakterijų santykį.
Norėdami atstatyti šią pusiausvyrą arba ją reguliariai išsaugoti, daugelis žmonių papildo savo mitybą milteliais ar kapsulėmis, kurių sudėtyje yra probiotikų. Tinkama dozė priklauso nuo asmens ir organizmo esamo gerųjų ir blogųjų bakterijų santykio. Daugelis vartotojų eksperimentuoja palaipsniui didindami rekomenduojamą dozę, kol pastebi infekcijos, dirginimo ar energijos lygio pokyčius.
Rauginti maisto produktai, tokie kaip jogurtas ir alkoholis, dažnai gali papildyti naudingą mikroflorą. Motinos pienas suteikia daug probiotikų kūdikių mikrobiotai. Gerųjų bakterijų ir blogųjų bakterijų santykis žarnyne ir kitose kūno vietose paprastai yra 85–15 procentų tiek kūdikiams, tiek suaugusiems.