Mikroskopinė fotografija yra mikroskopinės medžiagos vaizdų kūrimo ir įrašymo mokslas. Jis plačiai naudojamas įvairiose mokslo srityse – nuo kriminalistikos iki archeologijos. Ankstyvieji fotografavimo mikroskopu metodai buvo susiję su fotografijos įrangos pritaikymu naudoti su mikroskopo objektyvais. XXI amžiuje skaitmeninės fotografijos pažanga suteikia daugiau lankstumo kuriant šiuos vaizdus. Mikroskopinė fotografija dar vadinama fotomikroskopija, o rezultatas – fotomikrografija arba tiesiog mikrografija.
Tiek fotografija, tiek mikroskopija atsirado dėl optikos ir objektyvo konstrukcijos pažangos XVII–XIX amžiuje. Išradingi veidrodžių ir didinamųjų lęšių deriniai aiškiai sufokusavo mažas vaizdo detales, kaip tai daro žmogaus akis. Tinkamai išdėstyti, tokie lęšiai ir veidrodžiai galėtų padidinti labai tolimą, kaip teleskopuose, arba labai mažą. 17-aisiais pirmaujantys fotografai išmoko cheminiais procesais visam laikui įrašyti vaizdus ant metalinių ar stiklinių paviršių, vadinamų plokštelėmis. Netrukus mokslininkai suprato, kad gali panaudoti fotografiją, norėdami įrašyti vaizdus, kuriuos žiūrėjo per savo mikroskopus.
Ankstyviausia mikroskopinė fotografija registravo mikroskopinius vaizdus tiesiai ant fotografinių plokštelių. Tai buvo pasiekta naudojant adapterio žiedus mikroskopui pritvirtinti prie fotoaparato objektyvo. Kai kuriais atvejais fotoaparato objektyvas buvo pašalintas, todėl mikroskopas galėjo veikti kaip pats objektyvas. XX amžiuje buvo sukurtos specialios kameros, leidžiančios įrašyti mikrografijas ant fotojuostos. Standartiniai to meto nuotraukų apdorojimo metodai reikalavo panardinti plėvelę į besivystančias chemines medžiagas, todėl vaizdas buvo šiek tiek uždelstas.
Skaitmeninės fotografijos metodai pakeitė ir mikroskopinę, ir mikroskopinę fotografiją. Šiuolaikiniai mikrografai gali rodyti mikroskopinę medžiagą realiuoju laiku, kol ji vis dar yra po mikroskopu. Galimas ir vaizdo įrašymas bei integravimas su kompiuterinėmis sistemomis, kurios gali padėti, kai reikalinga detali vaizdo analizė. Nusikaltimų laboratorijos naudoja tokias mikrografijas, ieškodamos pėdsakų iš nusikaltimo vietų. Tai turbūt labiausiai žinomas fotomikroskopijos panaudojimas televizijos kriminalinių dramų dėka.
Tačiau mikroskopinė fotografija turi ir kitų pritaikymų, todėl ji padarė pažangą daugelyje mokslo sričių. Pavyzdžiui, geologai tiria mikroskopinius dirvožemio mėginius, kad nustatytų atmosferos ir aplinkos sąlygas įvairiomis istorinėmis epochomis. Medicina ir imunologija taip pat priklauso nuo mikrografijų, skirtų tyrimams, ligų diagnostikai ir gydymui. Elektroniniai mikroskopai naudoja elektronus, o ne šviesą, kad ištirtų medžiagą, įskaitant ląstelines ir molekulines struktūras, daug didesniu padidinimu nei įprasti mikroskopai. Elektroniniais mikroskopais sukurti vaizdai dar vadinami mikrografais.