Mikroskopo pakopa yra mikroskopo dalis, kurioje yra pritvirtintas mėginys, kad jį būtų galima peržiūrėti. Klasikiniu būdu egzempliorius dedamas ant scenos ant skaidrės, kurią galima prisegti į vietą naudojant sceninius segtukus. Yra daugybė mikroskopo pakopų tipų, skirtų įvairioms mikroskopijos reikmėms, pradedant nuo pagrindinių vidurinių mokyklų laboratorijose esančių etapų iki mikromanipuliatorių, kurie komplektuojami su robotinėmis rankomis, kurios gali būti naudojamos labai tiksliai, kontroliuojamai manipuliuoti mėginiais ant scenos.
Kaip ir teatro scenoje, mikroskopo scena naudojama parodos žvaigždei parodyti. Scena sukurta taip, kad ją visiškai apšviestų mikroskopo šviesa arba kad mėginys būtų laikomas vietoje, kai naudojamos kitos vaizdo gavimo technologijos. Naudodami ant scenos esančius ženklus, stebėtojai gali labai tiksliai atlikti matavimus ir padėti pavyzdžius, o scenos padėtis gali būti reguliuojama, kad būtų galima gauti vaizdus iš kito kampo arba leisti tyrėjui pamatyti visą skaidrę, nereikėtų jos rankiniu būdu pakeisti.
Pagrindinė mikroskopo pakopa yra pritvirtinta vietoje, kurią reikia manipuliuoti rankiniu būdu, jei stiklelį reikia perkelti ar reguliuoti. Mechaninės pakopos yra reguliuojamos, o apskritos pakopos suteikia didesnį judesių diapazoną ir reguliuojamumą. Scenos taip pat gali būti aprūpintos mikromanipuliatoriaus svirtimis ir kitais naudingais mikroskopijos įrankiais.
Paprastai kuo sudėtingesnė mikroskopo stadija, tuo ji bus brangesnė ir kuo geresnė mikroskopo kokybė, tuo geresnė jo stadija. Tyrėjai, dirbantys su mikroskopais, dažnai turi sugebėti atlikti labai smulkius ir tikslius koregavimus, o galimybė atlikti tokius koregavimus yra pagrindinė sudėtingos stadijos reklamos funkcija. Mikroskopo naudotojams taip pat gali būti svarbios papildomos funkcijos, pvz., galimybė sukurti kontroliuojamą aplinką gyviems mėginiams stebėti.
Priklausomai nuo mikroskopo, gali būti įmanoma nesunkiai išimti sceną pakeisti, arba tai gali būti sudėtingesnė. Pagrindiniai mikroskopai paprastai būna su ribotomis galimybėmis, todėl žmonės verčiami laikytis lęšių, pakopų ir kitų dalių, kurios buvo su mikroskopu. Labiau naudingi mikroskopai gali būti įrengti universalumui, su dalimis, kurias galima lengvai pakeisti suderinamais pakaitalais, kuriuos pagamina gamintojas arba subrangovas. Taip pat gali prireikti periodiškai nuimti mikroskopo stovą, kad būtų galima atlikti techninę priežiūrą ir valyti, kad mikroskopas veiktų geriausiai. Tokiu atveju labai patogu greitai atleisti.