Miško ekologija yra mokslas apie tai, kaip organizmai reaguoja vienas su kitu ir sąveikauja su miško ekosistemos aplinka. Ši ypatinga studijų sritis yra labai svarbi tiems, kurie rūpinasi miškų išsaugojimu. Neturint gerų duomenų apie mišką, kas jį daro sveiką ar nesveiką, niekaip nepavyks įgyvendinti tvaraus plano. Šios srities ekologas gali dirbti universitete, parkų tarnyboje ar net privačioje korporacijoje.
Su miško ekologija susiję asmenys tikisi rasti išvadų daugeliu klausimų. Tyrimai gali apimti tiek senų, tiek naujai augančių miškų svarbą, invazinių gyvūnų ir augalų rūšių grėsmės lygį ir žmogaus veiklos poveikį vietinei aplinkai. Kai kuriais atvejais, priklausomai nuo miško dydžio, ekologui gali tekti atsižvelgti į duomenis, apimančius kelias zonas arba biomus. Nors šios skirtingos sritys gali atrodyti nesusijusios, tačiau jos visos gali rodyti bendrą miško sveikatą.
Miško ekologija reikalauja daug laiko registruojant įvairias sistemoje aptinkamas rūšis. Dažnai šie duomenų taškai bus lyginami su ankstesniais metais surinktais duomenimis. Šis palyginimas turėtų gerai suprasti, kokios yra ilgalaikės vietovės tendencijos. Ypatingą susirūpinimą gali sukelti rūšių sumažėjimas arba jų skaičiaus padidėjimas.
Nors kai kurie gali manyti, kad rūšių įvairinimas yra geras dalykas, bet kas, susijęs su miško ekologija, žino, kad tai turi būti tinkama diversifikacija. Invazinės augalų ir gyvūnų rūšys gali sunaikinti vietines populiacijas, taip per kelis dešimtmečius visiškai pakeisdamos beveik visas miško ekosistemoje aptinkamas rūšis. Nors kai kurie tai gali laikyti natūralia gamtos eiga, kiti kaltina žmones dėl tam tikrų rūšių introdukcijos. Tai gali sukelti labai nenatūralų rezultatą.
Kai rūšys bus kataloguojamos ir tendencijos ištirtos, kitas žingsnis yra nustatyti, ar pokyčiai yra natūralaus miško ekologijos brendimo dalis, ar nenatūralių procesų pasekmė. Tai iš dalies nulemia pažvelgus į nevietinių rūšių skaičių ir suvokus pokyčius, kurie laikui bėgant vyksta miškuose. Tankėjant vainikams, pavyzdžiui, dėl šviesos trūkumo sumažės paparčių ir kitos žemės dangos augmenijos. To reikia tikėtis.
Jei pokyčiai bus laikomi netvariais ar nenatūraliais, ekologas gali būti paprašytas parengti planą, kaip atkurti miškų sveikatą. Kai kuriais atvejais sprendimo gali nebūti, nes susiję procesai ir rūšys gali būti pernelyg įsišakniję, kad galėtų keistis. Kitais atvejais gali būti būdų, kurie gali atkurti natūralesnę miško ekologiją.