Molekulinės masės žymuo yra molekulė, naudojama įvertinti molekulių, kurioms taikoma gelio elektroforezė, dydį. Tai metodas, kai DNR, RNR arba baltymai yra atskiriami pagal dydį, naudojant elektros srovę ant gelio. Šio termino nereikėtų painioti su molekuliniais žymenimis genetikoje – sritimis, kuriose organizmo DNR skiriasi nuo likusios populiacijos ir gali būti identifikuojama naudojant DNR zondą.
Baltymų molekulinės masės žymenys dažniausiai naudojami, kai baltymai atskiriami gelio elektroforezės būdu. Molekulinės masės žymuo yra žinomos molekulinės masės baltymų grupė, kurią paprastai tiekia tam tikro dydžio biotechnologijų įmonės. Dydžių diapazonas pasirenkamas pagal tiriamus pavyzdžius. Bėgimo metu molekulinės masės žymenys sukraunami ir atskiriami. Išmatavus žymenų ir dominančio baltymo nuvažiuotą atstumą, galima nustatyti eksperimentinio baltymo dydį.
Įvairių tipų žymekliai gali būti vizualizuojami skirtingais būdais. Kai kurie molekuliniai žymenys yra nepaženklinti ir yra nudažyti gelyje su likusiais baltymais. Jų nesimato tol, kol nenusiteps visas gelis. Kitų tipų baltymų molekuliniai žymenys yra iš anksto nudažyti spalvomis, o kiekvieno tipo baltymai yra skirtingos spalvos. Atskyrimas matomas, kai gelis teka.
Vienas iš anksto nudažyto molekulinės masės žymeklio pranašumų yra Western blot. Tai metodas, kai baltymai perkeliami į membraną, o po to dažomi antikūnais, siekiant aptikti tam tikrą baltymą. Spalvotų žymenų turėjimas padeda nustatyti, ar baltymų perkėlimas baigtas prieš tęsiant likusią procedūrą.
Molekulinės masės žymenys dažniausiai naudojami DNR analizei ant gelių. Dažnai DNR molekuliniai žymenys gaminami iš bakterinio viruso lambda. Restrikcijos fermentus gamina bakterijos, kad suvirškintų invazinių organizmų DNR, o restrikcijos fermentas HindIII dažnai naudojamas lambda DNR skaidymui. Jis gamina įvairaus dydžio, atkuriamų fragmentų, žinomų kaip DNR kopėčios, seriją. Lyginant atstumą, nuvažiuotą pagal standartus logaritminėje skalėje, galima nustatyti analizuojamų DNR fragmentų dydį.
Šis DNR molekulinės masės žymeklis gali būti naudojamas analizuojant DNR, pagamintos išskiriant genus, dydį ir atliekant genų inžinerijos eksperimentus. Jis taip pat gali būti naudojamas polimerazės grandininės reakcijos (PGR) metu, kai amplifikuojamas nedidelis DNR arba RNR kiekis, kad susidarytų didelis produkto kiekis. PGR metodai dažniausiai siejami su tėvystės nustatymu ir teismo medicinos mokslu, tačiau jie taip pat labai paplitę atliekant medicininius ir pagrindinius biologinius tyrimus. Specialūs molekulinės masės žymenys yra mažesniems produktams, pagamintiems iš kai kurių tipų PGR arba mažų RNR molekulių.