Muitinės agentūra, kartais vadinama muitinės biuru arba muitinės biuru, yra vyriausybės subjektas, atsakingas už vyriausybinių įstatymų, susijusių su importuotomis prekėmis ir paslaugomis, priežiūrą ir vykdymą. Daugumoje pasaulio šalių yra muitinės agentūra, kuriai dažnai vadovauja departamentas, atsakingas už nacionalinių finansų reikalų tvarkymą.
Nors tikslūs šios agentūros naudojami procesai ir procedūros įvairiose šalyse šiek tiek skirsis, yra keletas pagrindinių funkcijų, kurias atliks beveik kiekvienas muitinės skyrius. Viena iš pagrindinių funkcijų yra susijusi su importu. Muitinės agentūra atliks užduotį įvertinti ir surinkti importuojamoms prekėms taikomus tarifus. Ši kolekcija bus vykdoma pagal muitinės taisykles, kurias nustatė šalies federalinė vyriausybė. Be surinkimo, muitinės darbuotojai taip pat skirs bet kokias baudas ar nuobaudas, kurios gali būti taikomos importo procesui.
Kitas svarbus muitinės biuro vaidmuo – nustatyti ir kuo labiau sumažinti sukčiavimo ir kontrabandos prekių įvežimo į šalį atvejį. Tai dažnai apima įvežimo į šalį punktų kontrolę, įvežamų siuntų tikrinimą ir patvirtinimą, kad į šalį įvežamos prekės tai atliekama laikantis visų galiojančių įstatymų ir taisyklių. Kai kuriais atvejais tai bus taikoma ir darbui su pašto pareigūnais tikrinant pakuotes ir kitus pašto siuntinius, įvežamus į šalį iš užsienio.
Daugelis šalių suteikia daug įgaliojimų muitinės biurui, kai kalbama apie nelegaliai įvežtų prekių konfiskavimą. Muitinės agentūros pareigūnams suteikiami įgaliojimai, panašūs į vidinės teisėsaugos sistemos, leidžia suimti, konfiskuoti kontrabandą, pradėti baudžiamojon atsakomybėn asmenis ir įmones, bandančius nelegaliai įvežti prekes į šalį.
Jungtinėse Amerikos Valstijose muitinės departamentas, geriau žinomas kaip Muitinės biuras, yra pavaldus Iždo departamentui. Kitų šalių muitinės agentūros paprastai veikia globojamos didesnio skyriaus. Tačiau yra keletas atvejų, kai muitinės biuras veikia kaip nepriklausomas subjektas, turintis šoninius ryšius su kitais atitinkamais nacionalinės vyriausybės departamentais ir agentūromis.