Sodininkams yra daugybė natūralių pesticidų, skirtų kovai su vabzdžiais, tačiau palyginti nedaug natūralių herbicidų, skirtų piktžolėms ar kitiems invaziniams augalams naikinti. Tai, kas egzistuoja, gali padaryti daugiau žalos nei naudos, jei jie naudojami netinkamomis sąlygomis. Tačiau yra augalų, kurie veikia kaip natūralūs herbicidai, pavyzdžiui, juodasis graikinis riešutas, saulėgrąžos, šalavijas ir dėmėtoji dyglė. Šie augalai išskiria chemines medžiagas, kurios gali nužudyti kitas netoliese augančias augalų rūšis. Tam tikrų augalų taip veikiantis procesas vadinamas alelopatija.
Mokslininkus labai domina alelopatinės augalų savybės, nes cheminės medžiagos, atsakingos už natūralius herbicidus, dažnai gali būti išskirtos ir patobulintos komerciniam naudojimui. Pavyzdžiui, mokslininkai sugebėjo išskirti herbicidinę cheminę medžiagą, vadinamą katechinu, iš dėmėtosios dygliažolės, invazinės piktžolės, aptinkamos vakarinėje JAV dalyje, šaknų. Šią cheminę medžiagą galima susintetinti didesniu mastu ir pritaikyti daugeliui kitų invazinių augalų. Daugelis tokių herbicidų yra selektyvūs, o tai reiškia, kad jų chemikalai naikina tik konkrečius augalus, o ne viską, ką jie liečia.
Kita populiari natūralių herbicidų rūšis yra juodasis riešutmedis. Aliejai, išgauti iš medžių lapų, dažnai naudojami komerciniais tikslais gaminamuose herbiciduose. Saulėgrąžose esančių cheminių medžiagų ekstraktus taip pat gali naudoti ekologiškai dirbantys sodininkai.
Kiti natūralūs herbicidai pirmiausia naudojami piktžolių augimui kontroliuoti komercinėje velėnoje, pavyzdžiui, golfo aikštynuose ir įrengtose vejose. Šie herbicidai laikomi prieš išdygusiais augalais, o tai reiškia, kad jie sunaikina kitus augalus dygimo stadijoje, dar prieš augalui įsišaknijus. Vienas iš jų yra kukurūzų glitimo miltai, kurie iš pradžių buvo sukurti kaip terpė grybeliams auginti. Tyrėjai išsiaiškino, kad jis taip pat slopina kitų augalų, ypač piktžolių ir žolių, dygimą, todėl dažniausiai naudojamas vejoms dygimo fazėje, likus kelioms savaitėms iki pirmo žolės ar piktžolių stiebo atsiradimo.
Tyrimai, siekiant atrasti daugiau natūralių herbicidų, tęsiami. Kai kurie žemės ūkio ekspertai pastebėjo alelopatinius reiškinius įprastuose augaluose, tokiuose kaip žieminiai rugiai ir kviečių šiaudai. Buvo žinoma, kad, pavyzdžiui, ruginiai augalai veikia tam tikrų daržovių augimą. Kai kurie tyrinėtojai mano, kad rugių antsėlis arba bent jau dengiantis mulčias, kuriame yra rugių, gali naikinti piktžoles tarp sojų pasėlių. Grūdų pagrindu pagaminti herbicidai gali būti modifikuoti, kad būtų sunaikinti invaziniai augalai, kartu tausojant svarbius pasėlių augalus.
Natūralūs herbicidai gali atrodyti patraukliau nei jų cheminiai analogai, tačiau jie vis tiek yra nuodingos medžiagos, galinčios paveikti žmones ir gyvulius. Taikant juos gali prireikti tų pačių atsargumo priemonių kaip ir naudojant komercinius herbicidus, todėl juos naudojantys žmonės niekada neturėtų painioti termino „ekologiškas“ su „netoksišku“.