Neigiamos atsargos paprastai atsiranda dėl skirtumo tarp faktinių atsargų ir virtualių atsargų, kurias stebi ir apskaičiuoja kompiuterinė sistema. Paprastai taip nutinka, kai įvyko klaida arba sistemos netinkamai atnaujinamos, ir rodo, kad buvo parduoti arba perduoti produktai, kurių neturėjo būti. Problemų dėl atsargų gali kilti ir tada, kai produktai pametami, tada atsargos pakoreguojamos, kad būtų pašalintos prarastos prekės, o tada jos randamos nekoreguojant atsargų.
Šis terminas iš pradžių gali atrodyti kaip prieštaravimas, nes jis reiškia, kad įmonė gali turėti mažiau nei nulį produkto, tačiau tai yra pagrįsta atsargų valdymo pasekmė. Iš esmės tai rodo, kad įmonė pardavė produktus, kurių iš tikrųjų nėra, arba pardavė produktus, kurie nebuvo įtraukti į atsargų įrašą. Taip gali nutikti dėl nesusipratimo tarp sistemų. Jei gamybinė įmonė pardavė prekę prieš jos pagaminimą, gali būti, kad atsargų sistema gali rodyti neigiamą inventorizaciją, kol prekė bus pagaminta ir skaičius nebus ištaisytas.
Neigiamos atsargos taip pat gali atsirasti dėl netinkamo atsargų skaičiavimo arba produktų atėmimo iš netinkamos vietos įmonėje. Jei kompiuteryje esantys skaičiavimai rodo, kad parduotuvėje turėtų būti 12 tam tikros prekės, bet darbuotojas negali rasti tų 12 prekių, jos gali būti atimtos iš parduotuvės inventoriaus. Paprastai manoma, kad tai įvyko dėl tam tikro susitraukimo ir gali būti susiję su netinkama gavimo praktika arba vagyste. Jei visos 12 prekių randamos ir įdedamos į parduodamą lentyną, nekoreguojant parduotuvės inventoriaus, tai jų pardavimas gali sukurti neigiamą tos parduotuvės inventorių.
Nors neigiamos atsargos nebūtinai yra pražūtingos įmonei, tai gali lemti prastą apskaitą ir apsunkinti atsargų kontrolę. Parduotuvė pirmiau pateiktame pavyzdyje prarado pelną dėl to, kad prekės nėra lentynoje, ir gali atsirasti per daug prekės, nes į parduotuvę siunčiamos naujos prekės ir randamos trūkstamos prekės. Situacija taip pat gali atsirasti, jei įmonė netinkamai seka tą pačią prekę keliose vietose. Jei, pavyzdžiui, A vietoje yra 50 prekių, o vietoje B – 100 prekių, tada 100 pardavimų vietoje B, neteisingai įforminus kaip pardavimą iš vietos A, vietoje A sukurtų neigiamas atsargas.