Iš skeleto liekanų gauti įrodymai rodo, kad priešistorinis žmogus atliko pirmuosius dantų gydymo būdus. Viduramžiais vienuoliai, o vėliau kirpėjai prisiėmė atsakomybę už dantų šalinimą ir kitas primityvias odontologijos praktikas. Formalus švietimas ir informacija, susijusi su burnos higiena, atsirado tik 1500 m. Nors iki 1700-ųjų vidurio ji buvo pripažinta medicinos praktika, tik turtingieji pasinaudojo apmokyto odontologo paslaugomis. XXI amžiuje odontologija apima mažiausiai aštuonias specifines šakas, kurios užsiima viskuo – nuo ertmių užpildymo iki kosmetinės chirurgijos.
Archeologai mano, kad odontologijos istorija prasidėjo maždaug 7,000 m. Pakistane rastuose žmonių palaikų dantyse yra tarsi išgręžtos skylės. Mokslininkai teigia, kad ankstyvieji žmonės naudojo lanko grąžtus, kad padarytų ertmes, ir rado gręžimo antgalius, pagamintus iš titnago. Egiptietis, vardu Hesy-Re, galbūt gydytojas, dokumentavo odontologijos procedūras, kurios paprastai buvo atliekamos 2,600 m. pr. Kr. Aristotelis ir Hipokratas taip pat rašė apie dantų sveikatą. Kiekvienas filosofas aprašė dantų traukimą instrumentais, dantų ėduonies gydymą ir procedūras naudojant vielą dantų stabilizavimui ir žandikaulio lūžių taisymui.
Vaistai nuo dantų skausmo buvo sukurti prieš pirmąjį mūsų eros amžių. Dantų protezavimas, įskaitant auksinius vainikus ir pakaitinius tiltus, atsirado jau 166 m. Laikyti labiausiai išsilavinusiais to meto žmonėmis, vienuoliai viduramžiais dažniausiai teikė bendruomenės medicininę ir dantų priežiūrą. Ši ankstyvoji odontologijos istorija taip pat rodo, kad kinai sukūrė sidabro pastą ertmėms užpildyti. Vienuoliai ilgainiui išlavino ir apmokė kirpėjus medicinos srityje, todėl vieni galėjo atlikti operacijas, o kiti paskyrė įprastas dantų gydymo procedūras.
Vokietis, vardu Artzney Bucklein, 1530 m. išleido pirmąją knygą apie odontologiją. Vadovėlyje buvo ne tik aprašytos burnos procedūros, bet ir aptarta burnos higiena bei burnos ligos. Antony van Leeuwenhoek atrado mikroskopines bakterijas 1683 m. Iki tol buvo manoma, kad kirminai sukelia dantų ėduonį. Daugelis mano, kad prancūzas Pierre’as Fauchardas yra šiuolaikinės odontologijos tėvas. Fauchard išleido vadovėlį, kuriame aprašoma viskas – nuo dantų anatomijos iki burnos chirurgijos ir atkūrimo procesų.
Fauchardas taip pat buvo pirmasis asmuo odontologijos istorijoje, sutapatinęs cukrų ir rūgštis su ertmės formavimu. Turtingi pacientai iki 1700-ųjų vidurio gavo šaknų kanalus, aukso vainikus ir stulpelius. Dramblio kaulo protezai taip pat buvo prabanga, kurią galėjo įsigyti tik turtingieji. Mažiau pasisekę gyventojai, patiriantys dantų problemų, dažniausiai pasikliaudavo vietiniu kalviu. Maždaug tuo metu visuomenei tapo prieinami dantų milteliai ir kitos priemonės.
Terminas odontologas, kilęs iš prancūzų kalbos žodžio dentiste, atsirado XVIII amžiaus viduryje. Iki tol visi, atliekantys burnos procedūras, buvo žinomi kaip dantų operatoriai. Šimtmečio pabaigoje Johnas Greenwoodas sukūrė pirmąjį mechaninį grąžtą, kuris buvo varomas pėdomis. Netrukus kartu su porcelianiniais protezais atsirado pirmoji odontologinė kėdė. Charlesas Goodyearas 18 m. sukūrė gumos grūdinimo metodą, o stomatologai šią vulkanizuotą gumą panaudojo kaip naują dantų protezų pagrindą, nes porcelianas linkęs įtrūkti. Gydytojai amžiaus viduryje sukūrė anesteziją, kuri pagaliau suteikė neskausmingas odontologijos procedūras.
Odontologijos istorija tęsėsi ir XX a. XX amžiaus dešimtmetyje, kai 1900 m. buvo išrastas novokainas, o 1901-aisiais buvo atrasta, kad fluoras apsaugo nuo dantų ėduonies. Iki Antrojo pasaulinio karo bendruomenės į bendruomenės geriamąjį vandenį pridėjo fluoro. Šiuolaikinės odontologijos pažanga apima specializuotų instrumentų, klijų ir protezavimo prietaisų kūrimą. Odontologija ilgainiui išsivystė į specializuotą praktiką, apimančią endodontiją, ortodontiją, periodontiką ir burnos bei žandikaulių chirurgiją.