Ekologiški baltymai apima bet kokį maistinių baltymų šaltinį, tiek viso maisto, tiek papildo pavidalu, kuris yra ekologiškai užaugintas arba užaugintas. Kad jis būtų sertifikuotas kaip ekologiškas, jis paprastai turi būti auginamas dirvožemyje, kuriame nėra chemikalų, nenaudojant pesticidų, trąšų, antibiotikų ar dirbtinių priedų. Dažnai ekologiški baltymai reiškia organinius baltymų miltelius, kuriuos galima maišyti su vandeniu arba pienu, kad susidarytų kokteilis, sumaišyti su kokteiliais arba dėti į avižinius dribsnius ar kitus maisto produktus. Baltymų miltelių tipai apima išrūgų baltymus, kurie gaunami iš pieno, sojos baltymų, kanapių baltymų ir kitų vegetariškų baltymų šaltinių, tokių kaip žirnių baltymai.
Kaip maisto papildas, organiniai baltymai gali būti rekomenduojami dėl įvairių priežasčių – ar papildyti baltymais vegetarišką mitybą, atsigauti po operacijos ar traumos, ar palaikyti raumenų masės augimą. Vegetarams ir veganams, asmenims, kurių mityboje trūksta gyvulinių baltymų, gali būti patariama papildyti augalinės kilmės baltymų milteliais, tokiais kaip kanapės ar sojos baltymai, kad kompensuotų šį trūkumą. Tie, kurie kilnoja svorius, net jei nori tik padidinti raumenų tonusą, iškart po treniruotės gali suvartoti baltyminį kokteilį, nes jis skatina treniruotės metu pažeistų raumenų ląstelių atsistatymą. Tiesą sakant, kiekvienas, kuriam reikia sukurti ar taisyti kūno audinius, gali gauti naudos iš baltymų papildymo.
Plačiausiai prieinama baltymų miltelių forma yra išrūgų baltymai, kuriuose yra tam tikros rūšies baltymų, kurie išsiskiria kaip šalutinis produktas, kai iš pieno gaminamas sūris. Išrūgų baltymų izoliatas, paprastai randamas baltymų milteliuose, yra žinomas dėl savo gebėjimo labai greitai suskaidyti virškinimo metu, todėl organizmas gali jį lengviau naudoti. Kad išrūgos būtų laikomos ekologiškais baltymais, ne tik pienas turi būti ekologiškas – gaunamas iš karvių, auginamų nenaudojant antibiotikų, hormonų ar kitų cheminių medžiagų, bet ir sūrio gamybos procesai turi būti atliekami ekologiškai.
Alternatyvi ekologiškų baltymų forma, išpopuliarėjusi tarp vegetarų, yra kanapių milteliai. Teigiama, kad kanapėse, pagamintose iš kanapių augalo, kuris jau linkęs auginti ekologiškai, sėklų yra beveik visos būtinos aminorūgštys, kurių organizmui reikia iš maistinių baltymų šaltinių. Tai gali padėti išspręsti kai kuriuos vegetariškos dietos mitybos trūkumus, kuriems gali trūkti tam tikrų aminorūgščių, kurių paprastai yra tik gyvūniniame maiste.
Kita organinių baltymų rūšis – sojos baltymų milteliai, gaunami iš sojų pupelių – vieno plačiausiai pasaulyje auginamų žemės ūkio produktų. Sojos pupelės, iš kurių gaunami milteliai, žinoma, turi būti auginamos ekologiškai, kad būtų laikomos ekologiškais baltymais. Kadangi juos galima pagaminti gana pigiai, jie gali būti pigesnė baltymų miltelių forma vegetarams. Tačiau sojos baltymuose yra mažiau aminorūgščių nei kanapių baltymuose ir jie negali būti taip lengvai virškinami.