Pagrindinė temperatūra yra kūno temperatūra, kurioje jis turi veikti. Paprastai tai reiškia gerai izoliuotų organų ir kūno dalių temperatūrą, o ne odos ir kitų paviršiaus sričių temperatūrą, kurios svyruoja daug labiau. Ji skiriasi priklausomai nuo rūšies, bet visada yra ta temperatūra, kurioje viskas veikia geriausiai.
Žinduoliai savo šerdies temperatūrą reguliuoja termoreguliacinių procesų sistema, skirta viską išlaikyti homeostazėje. Kai kūnas įkaista dėl išorinio spaudimo, vidiniai mechanizmai viską atvėsina, kad užtikrintų geriausias kūno funkcijas. Panašiai, kai išorinė aplinka tampa šaltesnė už organizmą, vidiniai procesai viską įkaitina.
Ši temperatūra matuojama įvairiais būdais. Paprasčiausias tradicinis matavimo būdas buvo termometras, padėtas po liežuviu ir kurį laiką ten laikomas. Burnos temperatūra yra žinoma nepatikima; tačiau yra veikiamas bet kokio skaičiaus trukdžių. Rektalinė temperatūra laikoma daug patikimesne, nors ir šiek tiek sunkiau ją gauti. Taip pat yra šiuolaikinių termometrų, skirtų naudoti ausyje, kurie infraraudonųjų spindulių lazeriais nustato būgnelio temperatūrą. Nors ausų termometrai yra labai patogūs, daugelis tyrimų parodė, kad jie yra gana nepastovūs ir nerekomenduojami kaip karščiavimo nustatymo metodas.
Vidutinė normali žmogaus kūno temperatūra yra apie 98.2 F (36.8 C), plius arba minus 1.3 laipsnio Farenheito (0.7 C), kai vartojama per burną, ir apie 1.0 F (0.5 C) aukštesnė, kai vartojama rektaliniu būdu. Žmonių temperatūra iš tikrųjų svyruoja per dieną ir tampa aukštesnė, kai žmogus yra aktyvesnis, ir nukrenta iki žemiausio taško įpusėjus miego ciklui. Tradiciškai vidutinė žmogaus temperatūra buvo nurodyta 98.6 F, o tai yra ankstesnio XIX amžiaus matavimo konversija.
Šerdies temperatūrą visame kūne stebi nervinės ląstelės. Kai jie nustato temperatūros pokytį nuo idealios, smegenų pagumburio nervinės ląstelės reaguoja pagreitindamos arba sulėtindamos impulsų generavimą.
Tai reiškia, kad kai kūnas pradeda šalti, o vidinė temperatūra pradeda kristi žemiau nei ideali, nervinės ląstelės pagreitėja, o kūnas pradeda drebėti. Drebulys savo ruožtu generuoja šilumą, kuri šildo kūną. Taip pat susitraukia kraujagyslės, todėl iš šerdies į odą patenka mažiau kraujo ir mažiau prarandama šiluma. Kai organizmas nustato, kad darosi šalčiau, plaukeliai ant odos taip pat atsistoja. Daug plaukų turintiems žinduoliams tai sulaiko orą, kuris veikia kaip izoliacinis sluoksnis. Pas žmones, kadangi pas mus likę mažai plaukų, jie pasireiškia tik kaip žąsies kaulai, o vidiniam kūno šildymui nelabai padeda.
Karščiavimas atsiranda, kai kūnas iš esmės pakeičia tokią, kokia, jo nuomone, turėtų būti pagrindinė temperatūra. Staiga jis nori, kad kūnas būtų karštesnis nei įprastai, paprastai bandant išvyti kokį nors priešišką įsibrovėlį. Vis dar galioja įprastos reakcijos: drebulys, sumažėjusi kraujotaka ir t. t., bet dabar temperatūra pakyla gerokai daugiau, nei turėtų veikti.