Pagrindinis histokompatibilumo kompleksas (MHC) yra genomo sritis, koduojanti daugybę baltymų, išreikštų kūno ląstelėse. Šie baltymai yra imuninės sistemos vėliavėlės, leidžiančios imuninei sistemai atskirti „savuosius“ organizmui priklausančius baltymus ir svetimus baltymus. Imuninės sistemos T ląstelės sąveikauja su baltymais, kuriuos gamina pagrindinis histokompatibilumo kompleksas, naudodamos šią informaciją, kad nustatytų, ar organizme aptikta medžiaga priklauso ten.
Šie baltymai yra antigenų pavidalo. Žmonėms jie žinomi kaip žmogaus leukocitų antigenai (HLA). Pritvirtinti ląstelės išorėje, šie antigenai gali būti pateikti imuninei sistemai, panašiai kaip kredencialai. Jei imuninė sistema atpažįsta antigeną kaip kenksmingą, ji gali imtis veiksmų, kad nužudytų ląstelę, prie kurios ji yra prisirišusi. Tai sukurta tam, kad imuninė sistema galėtų nužudyti bakterijas ir kitus organizmus, patenkančius į organizmą, ir leisti imuninei sistemai atpažinti ląsteles, užkrėstas virusais, kad būtų galima sustabdyti viruso plitimą.
MHC yra labai įvairus. Kai kurie dalyvaujantys genai turi šimtus alelių, o tai gana neįprasta; kai kurie genai turi tiek daug skirtingų būdų, kuriais jie gali išreikšti. Pagrindinio histokompatibilumo komplekso įvairovė yra ir palaima, ir prakeiksmas. Dėl genetinės įvairovės žmonių rasė tampa stipresnė, ypač kai kalbama apie imuninę apsaugą, tačiau dėl to taip pat sunku persodinti audinius tarp žmonių.
Kai kraujas, audiniai ar kita paaukota biologinė medžiaga persodinama iš vieno žmogaus kitam, ŽLA antigenai gali nesutapti. Dėl to recipiento imuninė sistema donorinę medžiagą laikys svetima ir ją puls. Tai sukelia transplantato atmetimą su oda ir organais, o su krauju – gali sukelti sunkias reakcijas. Kai kuriais atvejais didelis histologinio suderinamumo komplekso konfliktas gali būti mirtinas.
Yra daugybė skirtingų testų, kuriuos galima naudoti norint nustatyti pagrindines kieno nors pagrindinio histokompatibilumo komplekso sritis. Šie testai atliekami, kai žmonės vertinami dėl organų donorystės, kad būtų galima rasti kuo puikiausią atitikmenį. Nors kai kurie žmonės gali manyti, kad kraujo grupė yra vienintelis tiriamas dalykas, iš tikrųjų yra daugybė antigenų, kurie gali prieštarauti, todėl tyrimas turi būti nuodugnus, kad nebūtų švaistoma donoro medžiaga tiems, kurie negali jų gauti.