Papildomi mokesčiai yra papildomi mokesčiai, kuriuos ima siuntimo įmonė už paslaugas, kurios nepatenka į įprastinį paketų ir siuntų paėmimą ir pristatymą. Tokie mokesčiai paprastai apskaičiuojami kaip fiksuotas mokestis, o dauguma įmonių skelbia papildomų mokesčių tvarkaraščius, kad klientai žinotų, kokių mokesčių jiems gali būti taikomi už siuntą. Šie mokesčiai įvairiose laivybos įmonėse gali skirtis, o didelius ar dažnai užsakantys klientai gali norėti apsipirkti, kad nustatytų, kur gali būti geriausias pasiūlymas.
Siuntėjai gali įvertinti papildomus mokesčius už specialų tvarkymą, pvz., grynuosius pinigus pristatymo metu, trečiosios šalies atsiėmimą, draudimą ir kt. Taip pat gali būti taikomi papildomi mokesčiai už degalus, laukimo laiką ir pristatymą į patalpas. Šie mokesčiai gali būti pagrįsti mokesčiu už siuntą arba gali būti apskaičiuojami pagal svorį ir dydį, atsižvelgiant į teikiamos paslaugos tipą. Siuntoms taip pat gali būti taikomi mokesčiai, jei jie siunčiami už įprasto pristatymo maršruto ribų, pavyzdžiui, kai kurių JAV laivybos įmonių taikomi kaimo maršrutų papildomi mokesčiai. Vairuotojai ir kiti tvarkytojai kruopščiai registruoja viską, kas gali būti apmokestinama jų darbdavių naudai.
Tuo metu, kai užsakymas siunčiamas gabenimui, laivybos įmonės atstovas turėtų nustatyti, ar taikomi specialūs mokesčiai. Už labai paprastą paėmimą ir pristatymą gali būti taikomi jokie papildomi mokesčiai; klientui bus taikomas tarifas, atitinkantis pristatymo greitį ir tipą. Kai tik klientai pradeda prašyti papildomų paslaugų, siuntėjas gali pradėti skaičiuoti papildomus mokesčius.
Taip pat gali būti taikomi papildomi mokesčiai dėl to, kas atsitinka siuntimo metu. Pavyzdžiui, laivybos įmonės gali imti papildomą mokestį, jei joms reikia pakartotinai pristatyti, nes kažkas nėra pasirašyti siuntos arba dėl kitos problemos, pvz., užrakinti vartai. Panašiai siuntėjai gali imti mokestį, jei gavėjas prašo specialios paslaugos, pvz., padėklų pristatymo į patalpas, suplanuoto reguliariai išvežti.
Pridėjus papildomus mokesčius, siuntos kaina gali labai padidėti. Įmonėms, siunčiančioms klientams, gali tekti tai apsvarstyti ir tokius mokesčius suskirstyti į pristatymo sąmatas, remiantis turima informacija apie siuntą. Jei jie to nepadarys, jie gali patirti nuostolių dėl pristatymo išlaidų arba gali būti priversti susisiekti su klientu, kad pakeistų užsakymą.