Ne pelno siekianti apskaitos programinė įranga reiškia žiniatinklio arba darbalaukio programinę įrangą, kurią ne pelno organizacijos gali naudoti savo finansiniams reikalams tvarkyti. Kai kurios funkcijos apima galimybę įrašyti ir sekti aukas, apmokėti sąskaitas ir generuoti balansus bei kitas finansines ataskaitas. Yra keletas programinės įrangos programų, kurios leidžia ne pelno siekiančioms organizacijoms apdoroti debeto kortelių operacijas be papildomos įrangos. Įmonės dažnai siūlo skirtingą programinę įrangą pagal vartotojų skaičių ir tai, ar ji bus naudojama keliose vietose. Pavyzdžiui, jei programinė įranga yra internetinė, ne pelno organizacija gali įsigyti licencijas kiekvienam vartotojui.
Ne pelno organizacijų valdymo apskaitos aspektai yra labai svarbūs teisiniais ir mokesčių tikslais. Tam tikro lygio visuomenės aukų ir įnašų rinkimui dažnai taikomi regioniniai ir nacionaliniai įstatymai. Tikslus įrašų tvarkymas dažnai yra būtinas tuo atveju, kai vyriausybės mokesčių pajamų agentūra atlieka auditą, kad įrodytų, jog apskaita atliekama tinkamai ir pagal galiojančius įstatymus. Pelno nesiekianti apskaitos programinė įranga supaprastina apskaitos užduotį ir gali būti geriausias organizacijos šansas vesti tikslią ir išsamią visų operacijų finansinę apskaitą. Dėl šios priežasties ne pelno organizacijos dažnai nusprendžia jį naudoti, o ne naudoti skaičiuokles ar popierių.
Pagrindinė kai kurių ne pelno apskaitos programinės įrangos funkcija yra darbo užmokesčio valdymas. Organizacijos darbuotojai reguliariai gauna atlyginimą, o apskaita, reikalinga norint parengti galutinį ir tikslų atlyginimo čekį, atitinkantį mokesčių įstatymus, gali būti plati. Pavyzdžiui, ne pelno organizacijoms gali būti reikalaujama pasilikti tam tikras atlyginimo dalis regioniniams ir valstybiniams mokesčiams ir mokėti grupinius sveikatos planus bei kitas išmokas. Programinė įranga gali būti naudojama apdorojant darbo užmokestį greičiau ir dažnai tiksliau nei atliekant kiekvieno darbo užmokesčio skaičiavimus rankiniu būdu. Dažnai galima užpildyti reikiamas mokesčių ataskaitų formas naudojant tą pačią programinę įrangą, o mokėti vienkartinį mokestį už programinę įrangą arba mėnesinį licencijos mokestį dažnai yra pigiau nei samdyti mokesčių specialistą ar darbo užmokesčio apskaitos tarnybą atlikti tas pačias užduotis.
Su lėšų rinkimo veikla susijusių finansų valdymas kartais gali būti didžiulis asmenims, kuriems pavesta tai tvarkyti ne pelno organizacijos vardu. Ne pelno siekianti apskaitos programinė įranga gali supaprastinti lėšų rinkimo planavimo procesą, taip pat sukurti išlaidų ir aukų sąskaitas, reikalingas operacijoms apdoroti. Kai kuri programinė įranga taip pat integruojama su žiniatinkliu, kad gautų informaciją ir automatiškai įvestų ją į programinę įrangą.