Peptidai yra trumpos baltymų sekos. Infekciniai ar ligas sukeliantys organizmai baltymus naudoja struktūrai arba virulentiškumui užtikrinti. Peptidinės vakcinos naudoja tik dalį organizmo, kad sukeltų imuninį atsaką. Šio tipo vakcinos taikomos imunizacijai nuo infekcinių organizmų, alergenų ar net navikų.
Imuninė sistema paprastai atpažįsta baltymus, susijusius su konkrečiu ligą sukeliančiu organizmu, kad nukreiptų jį sunaikinti. Šie atpažįstami baltymai vadinami antigenais. Tradicinės vakcinos naudoja gyvus arba nužudytus organizmus, kad sukeltų imuninės sistemos atsaką, kad organizmas galėtų atpažinti svetimą medžiagą ateityje.
Peptidai yra sudaryti iš aminorūgščių sekos, kurios yra baltymų statybinės medžiagos. Mokslininkas pirmiausia nustato organizmo dalis, pavyzdžiui, gripą, kurios sukelia imuninę sistemą, o tada nustato antigeno seką. Tada mokslininkas gali sukurti identišką peptidą to antigeno daliai, kuri sukelia geriausią imuninį atsaką.
Vakcinos sukelia imuninį atsaką, kai organizmo imuninės sistemos ląstelės jungiasi ir į jas reaguoja. Peptidinės vakcinos nestimuliuoja šių ląstelių lygiai taip pat, kaip tradicinė vakcina. Pavyzdžiui, peptidinė vakcina nesukelia užkrūčio liaukos ląstelių arba T ląstelių reakcijos taip stipriai, kaip kitos vakcinos. Siekiant kovoti su tuo, peptidinė vakcina gali būti prijungta prie baltymo nešiklio, kad būtų pagerinta ląstelių sąveika. Mokslininkas gali pažvelgti į tai, kaip ląstelėse esantys receptoriai prisijungia prie antigeno, ir sintetiniu būdu sukurti peptidų kolekciją su šiek tiek skirtingomis sekomis, kad prisijungtų prie kuo daugiau ląstelių, padidinant imuninio atsako stiprumą.
Peptidinės vakcinos turi keletą pranašumų, palyginti su tradicinėmis vakcinomis. Vakcina yra tik infekcinio organizmo dalis, todėl nėra jokios rizikos dėl kitų virulentiškumo faktorių ir reakcijų į kitas organizmo dalis. Peptidai lengvai ir pigiai gaminami sintetiniu būdu, jie lengvai nesuyra. Peptidinių vakcinų problema yra ta, kad kartais tikslinio organizmo antigeniškumą lemia trimatė antigeno struktūra, kurią sunku atkartoti laboratorijoje.
Daugelis infekcinių organizmų, tokių kaip gripas, yra labai kintantys, todėl tradicinę vakciną gali tekti reguliariai keisti, kad būtų kovojama su dabartine paderme. Peptidinė vakcina gali būti pagaminta iš stabilių hiperkintamojo viruso sričių, kad paveiktų įvairias mutavusias padermes. Peptidinėse vakcinose taip pat gali būti daugybė antigeninių peptidų, kad apimtų kuo platesnį antigenų spektrą.
Peptidinė vakcina taip pat gali būti naudojama reguliuojant imuninį atsaką į alergenus ir autoimunines ligas, kai organizmas klaidingai atakuoja savo ląsteles. Taip pat buvo tiriamos peptidinės vakcinos nuo žmogaus imunodeficito viruso (ŽIV). Šio tipo vakcinos taip pat gali būti taikomos vėžio gydymui, nes peptidai gali būti sukurti taip, kad patektų į naviko ląsteles, kad imuninė sistema juos atpažintų ir sunaikintų.