Ankstyvosios didžiųjų kompiuterių programos buvo sudėtos į krūvas kartoninių perfokortelių. Nors praėjo daug metų nuo tada, kai jos buvo naudojamos šiam tikslui, perfokortos vis dar turi keletą naudojimo būdų ir dažniausiai naudojamos kai kuriuose balsavimo aparatuose.
Perfokortos iš tikrųjų buvo išrastos anksčiau nei elektroniniai kompiuteriai. Iš pradžių užpatentavo Hermanas Hollerithas, perfokortas pirmą kartą buvo panaudotas su lentelių sudarymo aparatais gyvybinei statistikai įrašyti Niujorko miesto sveikatos taryboje, o vėliau, 1890 m. surašymo metu. Hollerithas iš tikrųjų gavo idėją iš kortelių, naudojamų žakardo staklėse, kuriose naudojamos kortelės pynimo modeliui valdyti.
Hollerithas išrado elektromechanines mašinas, kuriose buvo perforavimo įtaisas, lentelių sudarymo mašina ir rūšiavimo mašina, kurios galėtų būti naudojamos statistiniams duomenims kaupti ir saugoti. Vėliau prie jo įmonės „Tabulating Machine Company“ prisijungė Thomas Watsonas, kuris vėliau pervadino įmonę „International Business Machines“ (IBM).
Stulpelių dydis ir skaičius bėgant metams keitėsi, o 1890 m. surašyme naudotoje originalioje kortelėje buvo 20 stulpelių su 10 štampavimo pozicijų. Yra keletas įdomių paralelių su šiuolaikinėmis operacinėmis sistemomis. 1928 m. IBM pristatė ir užpatentavo 80 stulpelių kortelę, kurioje vietoj apvalių skylių buvo naudojamos stačiakampės skylės, o tai buvo reikšminga, nes apribojo IBM konkurentus senesniu, nesuderinamu apvalių skylių formatu.
Remington Rand sukūrė konkuruojantį formatą, leidžiantį 90 teksto stulpelių saugoti 45 stulpelių kortelėse, o tai iš tikrųjų buvo geresnis dizainas, tačiau dėl IBM dominavimo rinkoje jis nebuvo naudojamas taip dažnai. Kortelių apdorojimui nebūtinai reikėjo naudotis kompiuteriu. Pavyzdžiui, kai kurios mažmeninės prekybos programos naudojo kortelių rūšiavimo ir lentelių sudarymo mašiną, skirtą apskaitos funkcijoms, pvz., sumuoti kelių kategorijų kortelių kainų laukus.
Programavimo kalboms reikėjo, kad ankstyvosios fiksuoto formato kortelės būtų pakeistos į laisvo formato dizainą, o sukūrus standartizuotas kompiuterių kalbas, tokias kaip FORTRAN ir COBOL, paplito bendrosios perfokortos.
Tik aštuntajame dešimtmetyje didelės duomenų apdorojimo operacijos pradėjo pereiti nuo perfokortelių prie pakaitinio naudojimosi aplinkomis, kuriose duomenys saugomi magnetinėje juostoje.
Perfokortos vis dar plačiai naudojamos balsavimo aparatuose, nepaisant per daugelį metų kilusių problemų. 1968 m. Detroite vykusiuose visuotiniuose rinkimuose liūtis sušlapino vieną biuletenių partiją, o 2000 m. prezidento rinkimuose kilo klausimų dėl jų tikslumo ir efektyvumo, palyginti su modernesnėmis sistemomis.