Rauginta duona unikali tuo, kad jai nereikia jokių parduotuvėje pirktų mielių, kaip ir kitoms kylančioms duonoms. Jame yra simbiotinė mielių ir bakterijų kultūra, kuri natūraliai atsiranda iš miltuose esančių mikroorganizmų. Galima pridėti pradinių kultūrų, ypač norint išgauti specifinį skonį, pvz., susijusį su Candida milleri mielėmis ir Lactobacillus sanfranciscensis bakterijomis San Francisko duonos rauginėje, tačiau tai nėra būtina. Norint pagaminti raugo kultūrą, tereikia miltų ir vandens.
Bakterijos raugo duonos kultūroje yra Lactobacillus arba pieno rūgšties bakterijos, kurios taip pat naudojamos tokiuose maisto produktuose kaip rauginti kopūstai, kimchi, marinuoti agurkai, sūris ir jogurtas. Būtent šios bakterijos suteikia šiai duonai būdingą rūgštų skonį, o mielės leidžia duonai pakilti. Natūraliai miltuose esančios mielės ir bakterijos suaktyvinamos maišant vandenyje ir paliekant jį šiltoje aplinkoje. Įvairių rūšių miltuose daugiau ar mažiau gausu mikroorganizmų, o kartais į mišinį dedama neplautų ekologiškų vynuogių, kad padidėtų natūralių mielių susidarymas ir padėtų kultūrai vystytis. Diastatinis salyklas taip pat gali būti dedamas į jauną kultūrą, kad mielės galėtų maitintis papildomai cukrumi.
Raugo kultūrą, dar vadinamą užkandžiu arba kempinėle, būtina kasdien „maitinti“ jaunais miltais ir vandeniu. Kultūrai bręstant, ją galima šaldyti ir šerti rečiau. Dalis kultūros sunaudojama kiekvienam naujam raugintos duonos kepalui. Gerai prižiūrima raugo kultūra kepėjui gali tarnauti daugelį metų.
Raugas yra viena iš seniausių duonos rūšių. Šiaurės Europoje paplitusi 100% ruginė duona yra vienas iš raugintos duonos pavyzdžių, o batonai ir kitos Pietų Europos duonos tradiciškai buvo gaminamos su raugu, kol atsirado greičiau augančios mielių kultūros. Jungtinėse Amerikos Valstijose ypač garsi duona su raugu iš San Francisko. Kai kurios San Francisko raugo kultūros buvo naudojamos 150 metų. Tradiciškai draugams perduodama saldi amišų draugystės duona yra dar vienas amerikietiškos raugintos duonos pavyzdys.