Šakninis katalogas yra aukščiausias kompiuterių failų sistemų katalogas. Jis kartais vadinamas pirminiu arba namų katalogu. In gali būti daug kitų katalogų arba pakatalogių.
Sąvoka „namų katalogas“ nėra visiškai tiksli nuoroda į šakninį katalogą, kai kalbama apie „Unix“ arba „Unix“ tipo kompiuterių failų sistemas, tokias kaip daugybė „Linux“ operacinės sistemos platinimų ar skonių. Yra keletas „Linux“ platinimų, kurie buvo sukurti taip, kad juos pirmiausia galėtų naudoti vienas vartotojas, kuris visą laiką dirba kaip pagrindinis arba pagrindinis vartotojas. Puppy Linux yra tokios sistemos pavyzdys. Tačiau dauguma platinimų buvo sukurti kelių vartotojų gamybos aplinkai, kurių kiekvienas turi savo namų katalogą. Atskiri namų katalogai nėra šakniniai katalogai ta pačia prasme, kaip aukščiausias katalogas hierarchinėse kompiuterių failų sistemose.
Microsoft (MS) Windows® operacinės sistemos šakninis katalogas skiriasi nuo Linux platinimo katalogo. Kiekvienam skaidiniui MS Windows priskiriama abėcėlės raidė. Pavyzdžiui, vietinis diskas, kuriame įdiegta operacinė sistema, būtų žymimas kaip C:, kuris vadinamas to konkretaus skaidinio šakniniu katalogu. Optiniai įrenginiai, tokie kaip kompaktinių diskų (CD) ir skaitmeninių universaliųjų diskų (DVD) įrenginiai, paprastai žymimi D: arba E:. Tai yra tų konkrečių diskų šakniniai katalogai. Kiekvienas iš jų yra pirminis katalogas, kuriame gali būti bet koks pakatalogių skaičius, todėl galima sakyti, kad sistemoje Windows yra daugiau nei vienas šakninis katalogas.
„Unix“ ir „Unix“ pagrindu veikiančios operacinės sistemos, tokios kaip įvairios Linux distribucijos, naudoja hierarchinę failų sistemą, kurioje aukščiausias katalogas žymimas paprastu pasviruoju brūkšniu; tai vienintelis tikras aukščiausiojo lygio katalogas. Visi failai ir pakatalogiai yra susiję su šakniniu katalogu, nepaisant naudojamos operacinės sistemos. Kartais terminai „darbinis katalogas“, „santykinis“ ir „absoliutus kelias“ vartojami nurodant tikslią konkretaus failo vietą. Santykinis failo kelias iš tikrųjų yra susijęs su kita vieta; pavyzdžiui, failas pakatalogyje yra susijęs su pirminiu katalogu, kuriame yra tas pakatalogis. Nurodant failus pakatalogyje, paprastai pakanka nurodyti santykinį kelią, o ne absoliutųjį.
Kartais reikia nurodyti absoliutų failo kelią, todėl reikia žinoti, kas yra šakninis katalogas. Darbinis katalogas yra terminas, dažnai vartojamas norint nurodyti katalogą arba tikslią vietą, kurioje vartotojas šiuo metu dirba. Katalogai gali būti laikomi elektroniniais manila aplankais, kuriuose saugomi įvairūs failai, tačiau skirtingai nei fiziniai manila aplankai, kuriuose retai dedami kiti aplankai, elektroniniame šakniniame kataloge gali būti keli aplankai, vadinami antriniais katalogais.