Saugi operacinė sistema paprastai reiškia vieną iš dviejų dalykų; operacinė sistema, kurioje daug dėmesio skiriama vidiniam ir išoriniam saugumui, arba operacinė sistema, kuri turi išorinį saugos sertifikatą. Bet kuriuo atveju šių operacinių sistemų saugumo lygis yra aukštesnis nei vidutinės sistemos. Todėl saugi operacinė sistema paprastai naudojama vietose, kuriose saugomi svarbūs duomenys arba yra didelė atakų rizika.
Kai kurios operacinės sistemos sutelkia dėmesį į saugumą kaip vieną iš pagrindinių kūrimo taškų. Šios sistemos dažnai turi saugias funkcijas ir lengvą šifravimą, integruotą tiesiai į jų kodą. Tai skiriasi nuo įprastos operacinės sistemos, kuri paprastai remiasi trečiųjų šalių programomis. Kadangi šios programos neįkeliamos kaip operacinės sistemos dalis, visada yra nedidelis langas, kuriame jas galima apeiti. Saugioje operacinėje sistemoje apsaugos yra neatskiriamos ir nepašalinamos nuo visos operacinės sistemos; todėl apeiti juos daug sunkiau.
Kai kurios iš šių saugių operacinių sistemų yra skirtos konkrečiam naudojimui, o ne daugiau. Pavyzdžiui, programavimas aparatinės įrangos užkardoje arba autentifikavimo serveryje dažnai yra įprastos operacinės sistemos variantas. Tokiais atvejais sistema vis dar egzistuoja; jis tiesiog buvo sumažintas iki vien tik saugumo protokolams reikalingų funkcijų.
Kai kurios standartinės operacinės sistemos gaus patvirtinimą iš išorinės vertybinių popierių sistemos. Šio tipo saugi operacinė sistema paprastai yra labai panaši į įprastą vartotojo versiją, dažnai su keliais nedideliais pakeitimais. Dėl šių pakeitimų tam tikros sistemos sritys tampa saugesnės, tačiau nekeičiami bendri sistemos metodai ir operacijos.
Paprastai saugi operacinė sistema naudojama didelės rizikos vietoje. Operacinė sistema suteiks pirmojo lygio apsaugą nuo įsibrovimų ir duomenų vagysčių. Net naudojant į saugumą orientuotą operacinę sistemą, nėra neįprasta kompiuteryje rasti kitų šifravimo ir apsaugos lygių. Šios papildomos trečiųjų šalių programos pašalins visus integruotų programų trūkumus ir dar labiau apsaugo sistemą.
Net naudojant saugią operacinę sistemą, vartotojo veiksmai atlieka didžiulį vaidmenį bendrame saugume. Paprastam vartotojui saugumas dažnai yra antras po naudojimo patogumo. Dėl to daugelis vartotojų išjungs tam tikras apsaugos sistemas, kai tik jiems trukdys naudotis kompiuteriu. Daugelyje saugių sistemų yra apsaugos priemonių, kurios apsaugotų nuo vartotojo trukdžių arba automatiškai vėl įjungtų apsaugą. Tai padės išlaikyti pagrindinį saugumo lygį, net kai sutrinka tam tikros operacijos.