Sekvenavimas šautuvu yra DNR sekos nustatymo metodas, kai ilga DNR atkarpa fiziškai suskaidoma į mažus (maždaug 2,000 bazinių porų) fragmentus, kurie klonuojami, sekvenuojami ir surenkami naudojant kompiuterinę analizę. Jį sukūrė ir išgarsino Craigas Venteris iš „Celera Corporation“. Venteris šią techniką sukūrė 1996 m., dirbdamas Genomo tyrimų institute.
Venteris įkūrė „Celera“ 1998 m., kurio misija – per trejus metus nustatyti žmogaus genomo seką. Šis tikslas buvo tiesiogiai konkuruojantis su jau veikiančiu žmogaus genomo projektu – universitetų konsorciumu, dirbančiu kartu siekdamas sekti žmogaus genomą, naudodamas senesnę strategiją, vadinamą žemėlapių pagrindu arba BAC-BAC seka. Šis metodas pirmiausia apėmė genomo suskaidymą į 150,000 XNUMX bazinių porų dalių, vadinamų BAC, BAC surinkimą eilės tvarka ir išsamią kiekvieno BAC seką.
Viso genomo šautuvų sekos nustatymas aplenkia BAC kūrimą ir kartografavimą ir prasideda nuo DNR sekos nustatymo. Procesas prasideda nuo didelės molekulinės masės DNR mėginio paėmimo iš dominančio organizmo ir fizinio suskaidymo į mažus gabalėlius, leidžiant jį per siaurą švirkštą arba apdorojant jį ultragarsu – tokiu būdu mėginys sulaužomas naudojant garso bangas. Kirpimas yra atsitiktinis procesas, todėl fragmentų sekos šiek tiek sutampa. Pjovimas specialiai nesukuria 2,000 bazinių porų fragmentų, reikalingų sekvenavimui, o norimo dydžio fragmentai turi būti išgryninti iš mišinio.
Kitas žingsnis yra sujungti DNR fragmentus su DNR nešikliu, vadinamu vektoriumi. Šis procesas žinomas kaip klonavimas ir sukuria sekos biblioteką, iš kurios bus sukurta viso genomo seka. Nustatoma kiekvieno klono seka bibliotekoje ir naudojama kompiuterinė analizė, siekiant rasti persidengiančias arba tęstines sekas kiekviename fragmente. Surinkus persidengimus, susidaro „kontig“, kuris yra ilgas nenutrūkstamas DNR sekos ruožas.
Šautuvų klonavimas paprastai sukelia tam tikrus tarpus tarp kontigų, nes kai kurių sekų bibliotekoje nėra atsitiktinai. Spragas galima užpildyti sukuriant naują biblioteką arba naudojant žinomas sekas, kurios tęsiasi į išorę nuo kontigo. Kadangi šautuvų sekos nustatymas DNR fragmentus nustato atsitiktinai, daugelis fragmentų sekvenuojami daugiau nei vieną kartą, o tai sukuria didesnį tikrumą, kad seka yra teisinga, nei tuo atveju, jei kiekvienas fragmentas būtų sekvenuotas tik vieną ar du kartus.
Žmogaus genomą sekvenavo ir Žmogaus genomo projektas, naudodamas žemėlapiu pagrįstą seką, ir Celera, naudodamas šautuvų seką. Šautuvų sekos nustatymas dabar yra tinkamiausias kitų rūšių genomo sekos nustatymo metodas. Taip buvo suskirstyti daugelio organizmų, tokių kaip Arabidopsis thaliana, ryžių, karvės, šuns, vištienos, šimpanzės, žiurkės, pelės, pūkinės žuvies ir daugelio mikroorganizmų, genomai.